הרוב הגדול של יהודי תימן עלו לישראל רק לאחר קום המדינה. בגל הראשון (15 בדצמבר 1948 עד 10 במרס 1949) עלו רק הפליטים שהתרכזו במחנה "גאולה" בעדן מאז 1945 וישבו בו במשך 3 שנים (כ- 5500 עולים), ולא כלל יהודי תימן. אולם מאז גבר הצורך לעלות לישראל גם בקרב שאר יהודי תימן. כמה ימים לאחר החלטת האו"ם על תכנית החלוקה בכ"ט בנובמבר 1947 חלה הרעה במצבם של יהודי תימן ופרעות פרצו ביהודי עדן (שבה חיו אז כ- 8000 יהודים).
בתיק של מחלקת מזרח תיכון של משרד החוץ נמצא מכתב שנכתב בעילום שם והגיע אל הסוכנות היהודית מתימן דרך עדן בפברואר 1949. לפי המכתב התרחש בצנעא, בירת תימן, אירוע של עלילת דם בעקבות מציאת גופותיהן של שתי נערות תימניות בבאר שבחצר אחד הבתים ברחוב היהודים. המכתב מתאר את העלבונות, הביזה והמכות שספגו היהודים מבני המקום ואת מעצרם של יהודים רבים ביוזמת ראש העירייה:
עם זאת מציין הכותב שהיהודים זכו להגנת האימאם. קביעה זו מתחזקת בדו"ח של משרד החוץ: לפיו התערב האימאם בעצמו ומנע פגיעה ביהודים ואף מינה ועדת שופטים שתברר את הפרשה. מאוחר יותר הגיע לידי משרד החוץ מברק המאשר שהרוצח נמצא והוא איננו יהודי, ובכל זאת ראשי הקהילה עדין עצורים. אולם י' שמעוני, כותב הדו"ח, קובע שממשלת ישראל לא יכולה להתערב באופן ישיר בנעשה בתימן מחשש להאשמת יהודי תימן בנאמנות כפולה, דבר שעלול לגרור פעולות נקם ביהודי הארצות הערביות. באותה מידה לא תועיל פנייה לאו"ם ולגופים בינלאומיים אחרים, לא על ידי ממשלת ישראל ולא על ידי גופים יהודיים בין-לאומיים, ועל כן הדרך היחידה לסייע ליהודי תימן לפי הדו"ח היא להוציאם מתימן ולהעלותם לישראל.
