שנותיה הראשונות של מדינת ישראל היו רוויות במחלוקות בעניין מקומן של הדת ושל ההלכה הדתית בקביעת דפוסי התנהלותה של המדינה. הרב הרצוג עמד לא אחת במרכזם של הפולמוסים שהתעוררו בענייני דת ומדינה והתבקש להביע את עמדתו בדבר השאלות שעלו בדיונים שנערכו כדי להגיע לפשרה מקובלת על כל הצדדים.
הרב הרצוג היה איש הציונות הדתית. הוא דגל עקרונית בהשתלבות של הציבור הדתי במפעל הבנייה של המדינה החדשה תוך שיתוף פעולה עם הציבור החילוני, והיה מוכן לפשרות מסוימות בענייני דת ומדינה. מעבר לכך הוא סבר שאפשר לעצב למדינת ישראל חוקה שתחיל את 'משפט התורה' על אזרחי המדינה וגם תקיים משטר דמוקרטי בלא פגיעה בזכויות הפרט הבסיסיות. הוא אף ניסה לנסח עקרונות לחוקה כזו (ראו להלן פרק א.6). עם זאת הוא האמין שיש עניינים החיוניים לשמירת אופייה היהודי של המדינה ועניינים אחרים שהם בנפשו של הציבור הדתי המחייבים מאבק למען חקיקה דתית שיש בה פגיעה מסוימת בחופש האישי של האזרחים או בעקרון השוויון, גם במחיר של מחלוקת בין הציבור הדתי לבין ההנהגה החילונית של המדינה. גישתו זו באה לידי ביטוי נרחב בתעודות המצויות באוסף.
א.1 גיוס תלמידי ישיבות לצה"ל
לבד מן התעודה המוזכרת לעיל ישנן באוסף תעודות נוספות העוסקות בסוגיית גיוס בחורי הישיבות בשלב מוקדם יותר של עיצוב הסדר הדחייה. למשל שתי תעודות מחורף – אביב 1948 ובהן התכתבות עם מרכז המפקד לשירות העם בשאלת גיוס ואימון בני הישיבות בתקופה הסמוכה לקום המדינה ועל רקע המלחמה שחייבה גיוס כל הכוחות האפשריים ביישוב היהודי. (תעודה מס' 2); (תעודה מס' 3) תעודה נוספת היא מכתבו של ד"ר יוסף בורג, ח"כ מ'הפועל המזרחי', מ-1950 המציג גישה מסויגת ביחס להסדר דחיית השירות הצבאי של בחורי הישיבות ומתריע שיש הנכנסים לישיבות רק כדי להשתמט משירות בצה"ל (תעודה מס' 4).
א.2 גיוס נשים לצה"ל ולשירות לאומי
גיוס נשים לשירות צבאי או לשירות לאומי אף הוא מהסוגיות שהעסיקו את הציבור בישראל בשנות החמישים. הרב הרצוג כמו רוב ההנהגה הדתית התנגד בנחרצות לגיוס נשים לצבא ופסק שהוא אסור על פי ההלכה.
ב-1953 נחקק חוק שירות לאומי שקבע כי כל בת דתייה שקיבלה פטור משירות בצה"ל חייבת לשרת בשירות לאומי אזרחי. חוק זה עורר התנגדות רבה בציבור החרדי וגם בקרב חלק ניכר מהציבור הציוני-דתי. גם הרב הרצוג הביע את התנגדותו לחוק הן בשל אמונתו ששירות לאומי בכפייה תחת מרות גברים פוגע בצניעותן של הבנות הן בשל חששו שהחוק יגרום לקרע בעם בין דתיים לחילוניים. עם זאת הוא התנגד בתוקף ליציאה של המפלגות הדתיות הלאומיות ("המזרחי" ו"הפועל המזרחי") מהממשלה במהלך המשבר הממשלתי שגרמה חקיקתו של החוק. את התנגדותו לחוק השירות הלאומי הוא הביע במכתב לראש הממשלה בן-גוריון, (תעודה מס' 5). הרב הרצוג המשיך להתכתב בעניין זה עם מחליפו של בן-גוריון, ראש הממשלה משה שרת. בתשובתו לפניית הרב הצדיק שרת את החוק והסביר בפירוט מדוע לדעתו אין פגיעה בצניעותן ובאורח חייהן הדתי של הבחורות הדתיות המשרתות בשירות הלאומי על פי החוק החדש (תעודה מס' 6).
עמדתו של הרב הרצוג בעניין חוק השירות הלאומי עוררה ביקורת בקרב מקצת ממנהיגי הציונות הדתית (בעיקר אנשי 'הפועל המזרחי') ואנשי ציבור דתיים, שהיו בעלי גישה ליברלית יותר ותמכו בשירות הלאומי ואפילו בשירות צבאי של בנות דתיות. אחד מהם היה ד"ר אהרן ברט, מנכ"ל בנק לאומי. באוגוסט 1953 הוא שלח מכתב לרב הרצוג ובו הביע את אכזבתו מהתנגדותו של הרב לחוק השירות הלאומי ואת ביקורתו עליה. כמו כן הוא ביקר את עמדותיו השמרניות של הרב בשורה של סוגיות דתיות וחברתיות שהוא (ד"ר ברט) ראה בהן כניעה של הרב לחוגים החרדיים (תעודה מס' 7). בעניין זה ראו גם: נייר עמדה מטעם הרב הרצוג שבו הוא מסביר את העמדה הרשמית של הרבנות הראשית בעניין זה (תעודה מס' 8); מכתב מאיש 'אגודת ישראל' המתייחס לתלונות על פגיעות בצניעותן של נערות דתיות ולא-דתיות שהתגייסו לצה"ל (תעודה מס' 9).
יש לציין שלמרות הקרבה בין עמדת הרב הרצוג לעמדת אנשי 'אגודת ישראל' החרדית בסוגיית השירות הלאומי וסוגיות אחרות, היו בינו לבינם פערים אידאולוגיים ותרבותיים שכן יצחק הלוי הרצוג היה רב ציוני-דתי ובעל השכלה כללית רחבה ('רב דוקטור'). הפערים באו לידי ביטוי במכתב ששלחו נציגי הנהלת מרכז 'אגודת ישראל' לשר הדתות הרב יהודה לייב מימון ב-1949, ובו התנו את הצטרפותם לרבנות הראשית ב'מינוי רב ראשי שלישי מטעם אגודת-ישראל בארץ-ישראל בנוסף לשני הרבנים הראשיים' המכהנים (תעודה מס' 10). העמדת תנאי זה הייתה למעשה הבעת אי-אמון של המפלגה ביכולתו של הרב הרצוג לייצג אותה (לכאורה בתור הרב הראשי האשכנזי הוא היה אמור לייצג גם את אנשי 'אגודת ישראל' האשכנזים). מכאן אפשר ללמוד שעל אף הביקורות שקיבל הרב הרצוג מהאגף הליברלי של הציונות הדתית על שמרנותו הוא עדיין היה רב ליברלי ו'מתקדם' מדי מבחינת החרדים הלא-ציונים.
א.3. החינוך במחנות העולים
תחום אחר שידע מחלוקות חוזרות ונשנות בין המחנה הדתי לבין הנהגת מפא"י בשנים הראשונות למדינה היה החינוך. תחילתו במחלוקת על החינוך במחנות העולים. במחנות אלו הפעיל משרד החינוך בשנים 1948 – 1950 מערכת של 'חינוך אחיד', בשונה משיטת הזרמים שהונהגה במערכת החינוך הכללית (הזרם הכללי, זרם העובדים, זרם 'המזרחי' של הציונות הדתית וזרם החינוך העצמאי החרדי). החינוך האחיד נועד להקנות לילדי העולים חינוך ציוני חלוצי ברוח ערכי תנועת העבודה. זה היה חינוך חילוני במהותו, והוא עורר תרעומת רבה בקרב חלק מהעולים מארצות המזרח (בעיקר מתימן), שביקשו להקנות לילדיהם חינוך דתי. מנהיגי 'החזית הדתית' בכנסת, שחלק מתלונות העולים הדתיים הופנו אליהם, פתחו במאבק למען הנהגת חינוך דתי במחנות העולים. את המאבק הוביל ח"כ דוד צבי פנקס מ'המזרחי'. בנובמבר 1949 כתב פנקס בעניין זה לרב הרצוג ודיווח לו על פעולתו בכנסת למען העברת החינוך במחנות העולים מידי אגף התרבות, המספק חינוך חילוני בלבד, לידי אגף החינוך שיאפשר הפעלה של חינוך דתי במחנות במסגרת שיטת "הזרמים". (תעודה מס' 11). משבר החינוך במחנות העולים התפוצץ ברעש גדול בראשית 1950 ומצא את ביטויו גם במכתב ששלח הרב הרצוג בתחילת 1950 לרבני העדה התימנית ובו עודד אותם להיאבק בראש וראשונה למען 'הצלת הילדים, ילדי תימן היקרים, מרשת ההעברה על הדת הפרוסה על-ידי כוחות ידועים מאנשי השלילה והכפירה' (תעודה מס' 12).
א.4 שמירת השבת
שמירת השבת במרחב הציבורי הייתה מן הסוגיות שהעסיקו רבות את קובעי המדיניות בישראל בשנותיה הראשונות. ככלל תמכו מנהיגי המדינה בחובתה של המדינה להימנע ככל האפשר מחילול שבת בפעילות הציבורית, אך שללו כל התערבות בעניין זה במרחב הפרטי. עניין ששב ועלה היה העבודה בשבת במפעלים חיוניים. בימים של מדינה שנאבקת על עצמאותה הכלכלית ומבקשת להגביר את הייצור עד כמה שאפשר סברו מנהיגי המדינה שאין למנוע עבודה בשבת במפעלים חיוניים. הם אף ציפו מהרבנות הראשית לתת תעודות כשרות למפעלי מזון שפעלו בשבת והיו בעיניהם מפעלים חיוניים. למשל ראש הממשלה משה שרת פנה לרב הרצוג בנוגע להחלטה של הרבנות למנוע תעודת כשרות ממפעל מזון שלפי תפיסתה מחלל שבת, וניסה לשכנע אותו שיש הצדקה הלכתית להכשיר את תוצרת המפעל בהשוותו בין תוצרת זו לבין החשמל שמפיקות תחנות כוח העובדות בשבת ושהרבנות התירה להשתמש בו. במכתב התשובה שלו הצביע הרב הרצוג על הבדלים הלכתיים בין ייצור החשמל בשבת, שיש בו לדעתו היבטים של 'פיקוח נפש', לבין תעשיית המזון, שהיבטים אלה נעדרים ממנה (תעודה מס' 13). כשלוש שנים לאחר מכן התערב גם ראש הממשלה בן-גוריון בשיח הפנים-הלכתי במכתב ששלח לרב הרצוג ובו הביע צער ותמיהה בנוגע לחרם שהטילו הרבנים הראשיים על מפעל לנייר העובד בשבת. לחיזוק עמדתו הוא ציין ספר הלכתי שהודפס בשבת על ידי לא יהודים, על פי עדות המדפיס, והתקבל כספר לגיטימי לשימוש (תעודה מס' 14).
בעניין זה ראו גם התכתבות בין שר הדתות הרב יהודה לייב מימון לשר החוץ משה שרת בנוגע לדיפלומטים ישראלים שקיבלו את פני המזכיר הכללי של האו"ם כשהגיע לישראל בחג ושרת, למורת רוחו של הרב מימון, הצדיק את קיום קבלת הפנים בטענה שהיא נעשתה למען אינטרס חיוני של המדינה (תעודה מס' 15).
א.5 היחס לזרמים לא-אורתודוקסיים
מחלוקות בין הרב הרצוג לראשי המדינה התגלעו גם בשאלת היחס לזרמים הלא-אורתודוקסיים. למשל בשנים 1955 – 1956 החליף הרב הרצוג מכתבים עם ראש הממשלה משה שרת ועם אנשי ציבור נוספים בנוגע להתנגדותו ליזמת הרב הרפורמי ד"ר נלסון גליק להקים בית כנסת רפורמי בירושלים. הרב הרצוג פנה אל שרת והפציר בו לנסות ולהשפיע על הרב גליק לחזור בו מהתכנית. שרת מצדו השיב שהוא מסרב להתערב בעניין בשל עקרון חופש הדת. (תעודה מס' 16)
א.6 החוקה לישראל והקמת הסנהדרין
ערב הקמת המדינה ובשנים הראשונות לקיומה עסק הרב הרצוג במפעל יצירה הלכתי: עיצוב מצע חוקה למדינת ישראל על פי עקרונות התורה והמשפט העברי, בהנחה שאפשר יהיה לשכנע את הרוב החילוני לקבל חוקה כזו, שתעוצב בהתאם לכללי המשטר הדמוקרטי. למצער חשב הרב שאפשר יהיה להכניס יסודות משמעותיים מתוך המשפט העברי לחוקה של המדינה החדשה. בינואר 1948, לאחר החלטת האו"ם על קבלת תכנית החלוקה לארץ-ישראל והקמת מדינה יהודית לצד מדינה ערבית, כתב על כך הרב לד"ר מרדכי עליאש (תעודה מס' 17). עם זאת הבין הרב שהסיכויים שחוקה כזאת תתקבל קלושים, ובהמשכו של המכתב כתב על הצורך לפעול כדי למנוע את כוונותיהם של חוגים חילונים להנהיג במדינה שתקום נישואים וגירושים אזרחיים ואגב כך לשלול מן הרבנות את סמכויותיה הבלעדיות בענייני אישות שהעניקה לה ממשלת המנדט.
למרות רוח ההתחדשות הדתית שליוותה את מפעלו לכתיבת ההצעה לחוקה תורנית גילה הרב הרצוג הסתייגות מהרעיון שהעלה שר הדתות הרב יהודה לייב מימון לחדש את הסנהדרין בימינו. בהתכתבות בין השניים בעניין זה בשנים 1949 – 1950 פרס הרב הרצוג לפני הרב מימון שורה של בעיות המקשות את מימוש הרעיון מהיבטים הלכתיים וגם מהיבטים פוליטיים ומעשיים, והפציר בו לדחות את כינוס אספת הרבנים שיזם לשם כינון הסנהדרין (תעודה מס' 18).
א.7 סוגיית מיהו יהודי
השאלה 'מיהו יהודי?' בהקשר של חוק השבות עלתה ושבה ועלתה על סדר היום הציבורי בישראל בשנות החמישים. ב-1958 הורה שר הפנים ישראל בר יהודה לפקידי משרדו לרשום כיהודי כל מי שמצהיר בתום לב שהוא יהודי. הנחייתו זו חוללה סערה ציבורית ופוליטית. רבני ישראל והדיינים התכנסו לדון בעניין זה, ובעקבות הכינוס שלח המזכיר הכללי של הרבנות הראשית לבן-גוריון מכתב רשמי מטעם הרבנות ובו הביע את עמדת הרבנות (שהייתה גם עמדתו של הרב הרצוג) ולפיה הקביעה 'מיהו יהודי' צריכה להיעשות על בסיס ההלכה בלבד (תעודה מס' 19).
