קשרי ישראל עם דרום אפריקה בשנים 1964-1961 התאפיינו במתיחות הולכת וגוברת ביזמת ישראל. ישראל נקטה מדיניות זו מטעמים מדיניים, בין השאר בשל רצונה לפעול להתקרבות למדינות אפריקה השחורה כדי לקבל מהן תמיכה מדינית, שהייתה כרוכה בהכרח בהתרחקות מדרום אפריקה ואף בפנייה נגדה. כמו כן הושפעה מדיניותה של ישראל כלפי דרום אפריקה מרתיעתה ממדיניות ההפרדה הגזעית (אפרטהייד) ומהתנגדות לה, ולא היו אלו מילים בעלמא. בשנים 1964-1963, ביזמתה של שרת החוץ גולדה מאיר, הלכה אפוא ישראל והקצינה את מדיניותה נגד דרום אפריקה ויחסי שתי המדינות הלכו והידרדרו.
אולם ליחסי ישראל – דרום אפריקה היה גם גורם ממתן והוא קיומה של קהילה יהודית גדולה וחזקה בדרום אפריקה, בעלת קשרים הדוקים עם ישראל. החשש מפגיעה בקהילה היהודית והרצון לשמור על קשרים טובים עמה הביאו את ישראל להלך על חבל דק ביחסיה עם דרום אפריקה בשנים 1966-1965. היא ניהלה מדיניות זהירה בעלת שני פנים: היא נמנעה מניתוק היחסים עם דרום אפריקה, אך פעלה נגדה בפורומים בין-לאומיים; היא הצביעה בעקביות באו"ם נגד מדיניות האפרטהייד של דרום אפריקה, אך נמנעה מהצבעה בשאלת גירושה של דרום אפריקה מהאו"ם.
מלחמת ששת הימים, שפרצה ביוני 1967, הייתה ציון דרך במערכת היחסים בין ישראל לדרום אפריקה. בעקבות התמיכה שקיבלה ישראל מדרום אפריקה בתקופה שלפני המלחמה ('ההמתנה') ובמהלכה החליטה ישראל להפשיר את היחסים. היא מיתנה את ביקורתה כלפי דרום אפריקה ונמנעה ככל האפשר מביקורת פומבית עליה. אולם העובדה שלאחר מלחמת ששת הימים האשימו מדינות ערב את ישראל כי הנהיגה בעצמה משטר אפרטהייד בשטחים הערבים שכבשה גרמה למדינאיה לשוב ולצאת חוצץ נגד משטר האפרטהייד בדרום אפריקה. בעקבות התבטאויות אלו שבה המטוטלת ונעה ומשבר קשה חל ביחסים עם ממשלת דרום אפריקה. זו הייתה בבואה נאמנה לרגישות ולמורכבות של יחסי שתי המדינות בשנים 1967-1961.
