למרות פנייתו של יאפו המשיכה ישראל במדיניותה המסתייגת כלפי דרום אפריקה במוסדות הבין-לאומיים גם בעיצומה של תקופת 'ההמתנה' לפני מלחמת ששת הימים, עת נזקקה ישראל לכל תמיכה בין-לאומית שיכלה לקבל. במברק ליאפו ביקש ממנו יוסף תקוע, נציג ישראל באומות המאוחדות בניו יורק, להפסיק לחפש תמיכה פומבית של ממשלת דרום אפריקה בישראל (תעודה 53).
במהלך מלחמת ששת הימים ובימים שבאו מיד אחריה גילתה ממשלת דרום אפריקה יחס אוהד לישראל. היא התירה את העברתם של יותר מעשרים מיליון דולרים של כספי מגבית שתרמו יהודי דרום אפריקה לישראל ואת יציאתם של יותר מאלף מתנדבים יהודים לישראל לסייע בידה אחרי המלחמה (חלק מן המתנדבים היו בגיל שירות צבאי, ועל אלו אסורה היציאה מדרום אפריקה על פי חוק). בעקבות זאת חידש יאפו את הצעתו לשינוי במדיניות ישראל כלפי דרום אפריקה. הוא טען שהצורך המדיני והכלכלי מחייב לרסן את היחס אליה ולשוות לו אופי 'בריטי או סקנדינבי' כהגדרת הדרום אפריקנים (תעודה 54).
ארנולד באייר מדרום אפריקה ואיזק מזרחי מרודזיה מתנדבים בעבודה במטע התפוחים של קיבוץ דפנה. לע"מ
יאפו, בתמיכתה של יהדות דרום אפריקה, החל להוביל עתה פעילות נמרצת שנועדה להביא לשינוי ביחסה של ישראל לדרום אפריקה ולשיפור יחסי שתי המדינות. ב-26 ביוני 1967 נפגשו נציגים של יהדות דרום אפריקה עם צמרת משרד החוץ בישראל. הם ביקשו למתן את התבטאויותיה של ישראל נגד דרום אפריקה ואף להחזיר את דרג הייצוג הדיפלומטי לקדמותו. סמנכ"ל משרד החוץ ארתור לוריא השיב להם כי כבר סוכם על 'הנמכת הטון' כלפי דרום אפריקה וכי ישראל תימנע מגינויים חריפים ומהתבטאויות שלא לצורך. בדיון סוכם כי יומלץ בפני שר החוץ ומנכ"ל משרד החוץ להעלות את דרג הנציגות (תעודה 55).
ביולי 1967 שב יאפו והעלה את ההצעה לשפר את קשרי ישראל עם דרום אפריקה. הוא הציע תהליך הדרגתי של חימום היחסים שיביא בסופו לנורמליזציה, להשבת הציר ולהעלאת דרג הנציגות בפרטוריה לשגרירות. יאפו גם העריך כי החמרת משטר האפרטהייד היא סימן לכישלונו, וכי לא רחוק היום שבו יתמוטט המשטר הגזעני הזה (תעודה 56, תעודה 57). בתחילת אוגוסט השיב לוריא ליאפו כי הוחלט במשרד החוץ להורות לנציגי ישראל בפורומים בין-לאומיים להקפיד על נוסח זהיר ומתון בדיונים הנוגעים לדרום אפריקה. הוא הסביר שלא ימונה ציר אלא לאחר ההצבעה בעצרת האו"ם, משום שישראל זקוקה לקולות האפריקניים נגד המתקפה הדיפלומטית הערבית הצפויה בעצרת האו"ם בדיונים שלאחר מלחמת ששת הימים (תעודה 58).
האלוף מרדכי הוד, מפקד חיל האוויר הישראלי (צד ימין) יחד עם שמעון פרס לפני מצעד יום העצמאות בירושלים, 15 במאי 1967. צלם: משה מילנר, לע"מ
עדות לחימום היחסים הייתה ביקורו של מפקד חיל האוויר האלוף מרדכי הוד בדרום אפריקה בספטמבר 1967. במהלך הביקור הרצה הוד בפני קצינים בחיל האוויר הדרום אפריקני. ביקור זה עורר את חששם של אנשי משרד החוץ מפני נזק שייגרם לישראל ברחבי היבשת (תעודה 59).
הכוונות לשיפור היחסים עלו על שרטון בנובמבר 1967 כתוצאה מנאום שנשא באו"ם יואל בר-רומי, ציר ישראל באו"ם. בר-רומי דחה מכול וכול השוואה שעשו המשלחות הערביות בין ישראל לדרום אפריקה והתייחס במילים חריפות למשטר האפרטהייד (תעודה 60). בעיני ישראל נראה נוסח הנאום מתון, אך בדרום אפריקה הוא נתפס כסטירת לחי ישראלית וככפיות טובה לאחר תמיכתה של דרום אפריקה בישראל במלחמת ששת הימים. במשלחת ישראל באו"ם הסבירו שהדברים היו 'מאופקים ושקולים' ונאמרו בתשובה להאשמות הערבים, שהשוו את המשטר שישראל הטילה בשטחים שנכבשו למשטר האפרטהייד בדרום אפריקה (תעודה 62).
יאפו נדרש לדחות את הטענות הדרום אפריקניות וטען שמה שאמר בר-רומי היה בהתאם לקו המתון והזהיר שישראל נוקטת בעניין משטר האפרטהייד. עם זאת שב והציע למשרד החוץ הישראלי לפעול להרגעת הרוחות ולהימנע מהצהרות קיצוניות נגד דרום אפריקה (תעודה 63). במשרד החוץ חששו שממשלת דרום אפריקה תגיע לידי ניתוק היחסים עם ישראל. ארתור לוריא כתב לשר החוץ אבא אבן והציע לשלוח מברק לממשלת דרום אפריקה ובו מסר המסביר את ההתבטאות של בר-רומי, וכי ישראל מתכוונת לעמוד בסיכום שהשיגה עם דרום אפריקה על היחסים בין המדינות – מיתון ההתבטאויות נגד דרום אפריקה אך המשך ההתנגדות לאפרטהייד (תעודה 64 ונספח לתעודה 64, תעודה 65).
במסמך האחרון המובא בפרסום זה יש ביטוי נאמן לרגישות היחסים בין דרום אפריקה לישראל. במכתב ששלח למשרד החוץ ניסה יאפו להסביר את התגובה החריפה לדיון באו"ם מנקודת מבט דרום אפריקנית. לדבריו לאחר מלחמת ששת הימים השתררה בדרום אפריקה אווירה של ירח דבש בין היהודים ללא-יהודים, היה גל עצום של התנדבות בקרב הציבור היהודי והתחלה של הבנה בין הממשלות. כל אלו נעלמו כלא היו לאחר הצהרת בר-רומי. יאפו הסביר כי בניגוד למדיניות שנקטו פרוורד ושר החוץ שלו, לואו, הרי שראש הממשלה פורסטר ושר החוץ מולר (Muller) מתונים יותר בגישתם ומסכימים שמדינות יבקרו את משטר האפרטהייד אך יותירו פתח להמשך הקשרים עם דרום אפריקה. תחושתו של יאפו הייתה שבדרום אפריקה אין מבינים מדוע ישראל, שיש לה נציגות בדרום אפריקה, פועלת ומתבטאת בצורה כה חריפה נגדה (תעודה 67).
