אחד הנושאים שעלו לדיון במשרד החוץ לפני הפלישה היה הדיון בשאלה האם יביא השינוי בהנהגה הצ'כית תמורה ביחס לישראל. צ'כוסלובקיה, כמו שאר מדינות מזרח אירופה, ניתקה את קשריה עם מדינת ישראל בעקבות מלחמת ששת הימים. נוכח השינוי באווירה ורוחות הליברליזם עלתה באופן טבעי השאלה האם יש עתה סיכוי לחידוש הקשרים.
במברק לשגריר ישראל בווינה מ-19 במאי הביע אביגדור דגן את הערכתו ה שלמרות שבשכבות האינטליגנציה הצ'כית יש אהדה עצומה לישראל, דובצ'ק איננו זקוק לחידוש היחסים עם ישראל והשימוש באהדה לישראל הוא רק כשסתום לוויסות קיטור ההתמרמרות כלפי המשטר הקודם. לכן אין סיבה להיות אופטימיים בהקשר זה (תעודה 2). בשיחה הראשונה של ד"ר פומרנינג עם ניצן הדס, ב- 24 במאי, אמר שאמנם אין בעיות בילטרליות בין ישראל וצ'כוסלובקיה ויש דעת קהל אוהדת, שדובצ'ק מייחס לה חשיבות רבה, אבל מנהיגי צ'כוסלובקיה לא יעזו לעשות צעד כזה כדי לא להרגיז את הסובייטים בנושא שאינו בעל חשיבות מדינית אלא בעיקר מוסרית. פומרנינג העריך על כל פנים שחידוש היחסים עם ישראל יקדים את חידוש היחסים של צ'כוסלובקיה עם גרמניה בשל הנטל ההיסטורי של הסכם מינכן על היחסים שבין שתי המדינות (תעודה מס' 7).
ב-1 בספטמבר 1968 דנה הממשלה בצורך לקלוט בישראל את יהודי צ'כוסלובקיה (תעודה 39). השר בגין אמר בישיבה ש"בצ'כוסלובקיה יורד הלילה" וכל כמה שנצליח במהירות גדולה יותר להציל מספר יהודים, זו תהיה ממש הצלה בשבילם, אחרת מי יודע מה יהיה… יש להודיע ליהודי צ'כוסלובקיה באופן הדיסקרטי ביותר שייצאו משם". בגין התייחס בדבריו גם לאפשרות שאירועים דומים יקרו ברומניה, שבה יש מספר גדול בהרבה של יהודים. הוא ביקש לחדש את הקשר שהיה למדינת ישראל עם ממשלת רומניה בהקשר של עליית יהודים "ואולי גם להבטיח דברים מסוימים כדי שתתחיל עלייה מוגברת מרומניה". על שולחן הממשלה הונחה ההצעה לייפות את כוחו של השר יגאל אלון להביא לידיעת יהודי צ'כוסלובקיה, בדרכים שיראה לנכון, שכל היהודים, לרבות זוגות מעורבים, יתקבלו ברצון בישראל במעמד של עולים, עם כל הזכויות המתחייבות מכך. בישיבה התקבלה המלצתו של השר יעקב שמשון שפירא להוריד מן ההחלטה את המלים: "בדרכים שיראה לנכון" שעלולות לקומם את הסובייטים וכן הוחלט שלא לתת פרסום להחלטה מאותן סיבות עצמן. השר אבא אבן סיפר בישיבה שממשלת רומניה פנתה לממשלת ישראל בבקשה להפגין סולידריות ולהשפיע בעולם ובעיקר בארצות הברית שיתנו את הדעת על הסכנה הרובצת לפתחה של רומניה פן תבחר ארצות הברית להמעיט בתגובה כפי שעשתה במקרה של צ'כוסלובקיה. בישיבה התקיים דיון מעניין על תופעת נישואי התערובת הנפוצה מאוד בקרב יהודי צ'כוסלובקיה והמשמעויות של הדבר ביחס לקליטתם בישראל.
בדו"ח ששלח ב-1 בספטמבר סמנכ"ל משרד החוץ, משה ביתן לרבין הוא טען שקשה להעריך את תגובת הערבים למאורעות בצ'כוסלובקיה ולקחם ביחס למזרח התיכון אך לא סביר שההתפתחות האחרונה תניע אותם לפשרנות יתר כלפי ישראל. ביתן הביע ספק אם שירותי הביון האמריקניים אכן הופתעו מההתפתחויות ובכל זאת ישראל צריכה לתת את הדעת על כך שמערכת גדולה ומסורבלת כמו הממשל האמריקאי מתקשה להגיב במהירות ולכן ישראל חייבת לעמוד בכל מקרה ברשות עצמה. בעיניו מחזקים האירועים את נימוקי ישראל למען החלטה חיובית של האמריקאים למכור לה מטוסי פנטום. ביתן אף הוסיף וביקר את הנשיא הטרי, ריצ'רד ניקסון באומרו שתגובתו לאירועים מוכיחה שהוא אינו מבין את תפקידה של ממשלת ארצות הברית כמעצמה עולמית במשחק הכוחות הבינלאומי (תעודה 38).
