דיון זה היה הדרמטי והארוך מכולם. בפתח הדיון ניתנה זכות הדיבור לקצינים שהוועדה ביקרה את פועלם: האלופים שגיא ודרורי ותת-אלוף ירון. סגן ראש הממשלה לוי טען שיש לבצע את המלצות הוועדה בעיקר משום שאי-ביצוען יביא להפלת הממשלה ומכאן ל"הפקרת יהודה ושומרון". מודעי הציע לקבל את "פסק הדין" של הוועדה בנוגע למערכת הביטחון אך לדחות את "גזר הדין" שלה, קרי את הדחת שר הביטחון והקצינים הבכירים. הוא גם הציע להקים ועדת שרים מצומצמת שתקרא את כל הפרוטוקול של הוועדה ותגבש בתוך שבוע המלצות נוספות. היועץ המשפטי זמיר הגיב באמרו שאין לממשלה אפשרות לקבל חלק מההמלצות. בעת שהשרים המתינו לשר שרון (שהתעכב בחוותו בגלל הפגנה של אנשי "שלום עכשיו" שם) הם דנו בעניין אחר, שאינו מובא בפרסום זה. שעה וחצי לאחר פתיחת הישיבה הגיע שרון. הוא קרא לדחות המלצות הוועדה כי הן מטילות על מדינת ישראל אחריות עקיפה לטבח במחנות הפליטים ואפילו אשמה ברצח עם לפי "החוק בדבר מניעתו וענישתו של הפשע השמדת-עם, תש"י-1950". לאחר מכן חלק על קביעות נוספות של ועדת החקירה ואילו זמיר, ארידור ובגין דחו על הסף את היתכנות פרשנותו של שרון שהוועדה מאשימה את מדינת ישראל בפשע של רצח עם.
הדיון נקטע בעקבות הודעתו של המזכיר הצבאי נבו על מטען שנזרק על המפגינים ופצע חלק מהם (ראו למעלה במבוא). לאחר מכן דיבר השר יוסף בורג. כאשר הודיע נבו שאחד הפצועים נהרג הגיב בורג ואמר: "אני רוצה להתגבר על עצמי ולהמשיך, על מנת לסיים. אני מתגבר על עצמי, עם כל הרגשות שישנן בקרבי." עתה שאל בגין "מה לעשות נוכח מאורע זה?" ובורג השיב: "מישהו יכול לדבר שוב על 'פוטש', או פופוליזם או הפגנות" – ושב לדון בהמלצות ועדת החקירה. בתום דבריו זעק בגין: "ישנו הרוג, יהודי הרוג!!" הוא שאל את חברי הממשלה אם להמשיך בישיבה "בתנאים שנוצרו" (אחרי זריקת הרימון) והאם פרשנותו המשפטית של שרון מחייבת בדיקה מיוחדת או שאפשר להסתפק בדברים שנאמרו בישיבת הממשלה. כל חברי הממשלה מלבד שרון הצביעו בעד המשך הדיון.
בורג טען שלפני הממשלה עומדות שלוש אפשרויות: לקבל את כל ההמלצות, לדחות את כולן או לקבל את ההמלצות לגבי הדרג המדיני (שרון) ולדחות את ההמלצות לגבי הדרג הצבאי. הוא רמז שאם שרון יתפטר הוא יקל את גורלם של קציני צה"ל. שרון שלל את ההצעה השלישית והציגה כבלתי מוסרית.
בשלב זה חיווה בגין את דעתו על המלצות ועדת החקירה. הוא טען שעם כל הכאב אין לממשלה בררה אלא לקבלן כמות שהן, במלואן, בגלל המעמד המיוחד של ועדת חקירה ממלכתית, שהמלצותיה כמוהן כפסק דין חלוט. בזאת מיקם בגין את עצמו כמי שחרד להמלצות הוועדה יותר מכל הנוכחים בישיבה, יותר אפילו מהיועץ המשפטי לממשלה.
לאחר מכן התקיימה הצבעה. 16 מחברי הממשלה תמכו בהצעתו של בגין. בעד הצעתו של שרון להקים ועדה שתדון בתיקונים בהמלצות הוועדה כלפי קציני צה"ל הצביע שרון לבדו (תעודה 6 ארכיון המדינה, א-4283/2). בעקבות החלטת הממשלה נאלץ שרון לוותר על תיק הביטחון אך נשאר שר בלי תיק בממשלה. כמו כן בוצעו המסקנות האישיות בנוגע לקציני צה"ל.
אמיל גרינצוויג, באדיבות משפחת גרינצוויג 
