מאז הקמתה של מדינת ישראל, שלוש שנים בלבד לאחר תום מלחמת העולם השנייה ושואת יהודי אירופה, התמודדו נשיאי המדינה עם הרגישות והכאב הציבורי שנלוו לכל עניין שקשור ליחסי ישראל עם גרמניה. באוגוסט 1965 עמד הנשיא שזר בעיצומה של סערה ציבורית סביב קשירת יחסים דיפלומטיים עם גרמניה המערבית וקבלת כתב האמנה של שגרירה הראשון – רולף פאולס שהיה נוסף לכל קצין בצבא גרמניה (הוורמאכט) במלחמת העולם השנייה. על הנשיאים היה לנהוג באופן פורמלי ומאופק גם "כשהמעשים מכווצים את הלב", כפי שכתב הנשיא שזר לאלו שפנו אליו וביקשו שלא יקבל את השגריר הגרמני בבית הנשיא לקול צלילי ההמנון הגרמני, ובהם הצייר ברנשטיין ששאל אותו" אם יעמוד בו כוחו "לעמוד מול השגריר הזה להסתכל בו בעיניו, לשמוע את צלילי ההמנון הגרמני, אותו המנון שלצליליו….שלמנגינתו הובלו ילדים גברים ונשים לתאי הגזים…. לרגישות הרבה תרמה העובדה שארבעת נשיאי המדינה הראשונים נמנו על יוצאי יהדות אירופה והיו מבני משפחתם וקהילות מוצאם שהושמדו בשואה.
הזמנה משגריר גרמניה לעמי גלוסקא להשתתף בקבלת פנים בשגרירות לרגל הופעה של זמרי אופרה מגרמניה, 1982. ארכיון המדינה
בניגוד לאלו שקדמו לו, שורשיו של יצחק נבון לא היו ביהדות אירופה. עם זאת, הוא היה מודע היטב לרגישות הרבה שהייתה, ועדיין, קשורה ליחסי ישראל עם גרמניה. בשנים אלו כבר נכנסו היחסים עם גרמניה למסלול שגרתי. נבון ניהל חליפת אגרות ברכה עם נשיאי גרמניה קלאוס שייל וקרל קרסטנס (ראו למשל הנשיא נבון – גרמניה, נ-345/1 עמ' 31-29, נ-345/2 עמ' 20-15, עמ' 340-338), קיבל את כתבי האמנתם של שגרירי גרמניה בישראל קלאוס שוץ ונילס הנסן ששניהם נשאו בעברם שירות בצבא הגרמני בזמן מלחמת העולם השנייה, אירח בלשכתו אישים ומשלחות מגרמניה ובהם ראש עיריית ברלין ריכרד פון וייצקר (נ-345/2 עמ' 52-50) והתראיין לאמצעי התקשורת בגרמניה.
כמובן שברקע הפעילות הזו עמדו העבר הנאצי של גרמניה והידיעות על ארגונים ניאו- נאצים שעדיין פעילים בה. נבון קיבל דיווחים על ארגונים כאלו שמקיימים פעילות טרור ומצויים בקשרים עם גורמים ערביים קיצונים. (ראו למשל: נ-345/2, עמ' 80-65).
מעבר לתפקידים הפורמליים היו אלו תמיד יחסי האנוש החמים שידע נבון ליצור עם אורחיו. קושי מיוחד היה אפוא ביחסיו עם אישים גרמנים. בהתכתבויותיו ובמפגשיו עם אישים אלו עמדה ברקע ההיסטוריה הבעייתית של גרמניה. למשל ב-7 במאי 1981, קיבל מכתב מהמו"ל הגרמני המפורסם אקסל שפרינגר שנסיבותיו לא ברורות. שפרינגר היה בעברו מעורב בפעילות נאצית לא אלימה, אולם נחשב לידיד גדול של ישראל והרבה לבקר בישראל ולתמוך במוסדות תרבות בה. במכתבו לנבון כתב המו"ל הגרמני על זוועות השואה ועל היכולת למחול כשברקע הידיעה גרמנים שסייעו ליהודים וסבלו עקב כך סבל רב (נ-345/2 עמ' 177)
