קיימים כלים רבים כדי לנהל משרד ממשלתי, והם נחשפים בתיקים שמתעדים את פעילות הנהלות המשרדים. ביניהם ניתן למנות התכתבות, השתתפות בישיבות של פורומים חיצונים (ממשלה, ועדות מנכ"לים ועוד) הגשת תזכירים ודוחות, ביקורים, אירוח מומחים ועוד. אולם ללא ספק לב ליבה של הפעילות הפנים משרדית היא ישיבות הנהלה בהן מתקבלות ההחלטות החשובות לגבי מדיניות המשרד וניהולו.
במשרד החינוך בתקופת כהונתו של יצחק נבון התנהלו ישיבות הנהלה בשני הרכבים: ישיבות הנהלה סגל א' בראשות המנכ"ל ד"ר שמשון שושני ולעתים בראשות השר נבון. ישיבות אלו עסקו בעניינים המרכזיים שקשורים למערכת החינוך ובקבלת החלטות עקרוניות. כמו כן התקיימו ישיבות של הנהלה סגל ב' בראשות הסמנכ"ל, שעסקו בעיקר בענייני מנהל ובעניינים פנים משרדיים. בנוסף התקיימו ישיבות של ועדות שונות כגון כוח אדם, המנהל הפדגוגי ועוד רבות.
יצחק נבון ישב בראש ישיבות ההנהלה כשאלו כשנגעו לעניינים קרדינליים שהיו קרובים ללבו במיוחד והצריכו את נוכחותו, אולם את מרבית הישיבות ניהל המנכ"ל שושני – איש חינוך עתיר ניסיון שכיהן כמנכ"ל משרד החינוך בשנים 1989-1986.
הנה דוגמאות מסיכומי שני דיונים שבהם השתתף השר. הראשון עסק בנושאים שהיו בין אלו שאותם הציב נבון בראש סדרי העדיפויות שלו עם כניסתו למשרד החינוך – דמי רישום והרפורמה בחינוך הטכנולוגי (תיק ישיבות הנהלה, גל-14977/1 עמ' 11):
נושא שהרבה להעסיק את צמרת משרד החינוך היו בחינות הבגרות ובכלל זה שמירה על טוהר הבחינות. בפברואר 1988 דנה בכך הנהלת משרד החינוך בראשות השר. סיכום הישיבה מובא להלן (
