סמכויותיה המצומצמות באופן יחסי של ועדת אגרנט עוררו ביקורת בקרב מי שחשבו שמלחמה כזו ראוי שתיחקר בהיקפים רחבים בהרבה. בחודשים שבהם פעלה הוועדה שבו ועלו הצעות להרחיב את תחומי בדיקתה לעניינים נוספים שקשורים למלחמת יום הכיפורים ולתקופה שקדמה לה. למשל במאמר בעיתון ידיעות אחרונות בראשית ינואר 1974, תקף הפרופ’ שלמה אבינרי במילים חריפות את דרך קבלת ההחלטות בהנהגת המדינה לפני וערב פרוץ המלחמה, אותה השווה ל”ניהול עניינים היאה לחנות סידקית”. אבנרי טען ש”הטרויקה” -גולדה מאיר-משה דיין – ישראל גלילי’ – ניהלה את המדיניות והתעלמה לחלוטין ממליאת הממשלה בעניינים הרי גורל. מאמרו של אבינרי, שדומה שהוזן במידע מתוך חוגי הממשלה, עורר את זעמו של ישראל גלילי שכתב לגולדה :
(למכתבו המלא של גלילי, ארכיון המדינה, פ-833/2).
הצעות להרחיב את סמכויותיה של ועדת אגרנט עלו גם בדיוני הממשלה. למשל ב-27 בינואר קיימה הממשלה דיון בעניין ראיונות בתקשורת שקיים האלוף במיל ומפקד אוגדה 143 במלחמה אריאל (אריק) שרון. בראיונות אלו תקף שרון בצורה חריפה את הרמטכ”ל דוד אלעזר, מפקדים בכירים אחרים ואת “התאבנותו” של צה”ל כפי שבא לידי ביטוי במלחמת יום הכיפורים. בדיון בממשלה העלה השר ויקטור שם-טוב טענות שהשמיע אלוף פיקוד הדרום בעת המלחמה, האלוף שמואל גונן (גורודיש), נגד אריק שרון. האשמותיו החמורות של גונן כללו חמשה מקרים שבהם, לטענתו, הפר שרון פקודות מפורשות של אלוף הפיקוד וצעדיו גרמו לכשלים בקרבות שהביאו לאבדות כבדות. שוב צף ועלה הצורך לחקור את פרשת מלחמת יום הכיפורים בכללותה ולא רק את פרק הזמן הקצר שחקרה הוועדה. לאחר שפרש את הטענות נגד שרון הציע השר שם טוב:
(דברי שם טוב במלואם עמ’ 77-73)
למרות שלא זו הייתה הכוונה, התפתח בממשלה דיון ארוך על התנהלותו של שרון. גולדה הגדירה את דבריו כ”שערוריה” ולא פחות מ”קריאה למרי”, ואמרה:
(דברי גולדה מאיר במלואם עמ’ 86-84)
ראש הממשלה פנתה אל היועץ המשפטי שמגר ובקשה שישיב אם חקירת האשמותיו של שרון כלולה בסמכויותיה של ועדת אגרנט? לפני מתן תשובתו של שמגר דיבר הרמטכ”ל דדו. הוא אישר את האשמותיו של גונן וסקר את הצעדים שנקט כדי לבדוק את תלונותיו. דדו אמר שהפרקליט הצבאי הראשי וגם היועץ המשפטי לממשלה המליצו להעמיד את שרון לדין משמעתי. הוא מסר שוועדת אגרנט תבדוק רק את התלונה הראשונה של גונן שנמצאת בתחום מסגרת הזמן שלה. הוא מסר שהוא דיבר עם שרון וזה הבטיח שלא להמשיך ולהתראיין, אך לא עמד בהבטחתו. לגבי טענותיו של שרון נגד הרמטכ”ל, ובעניין הדיבורים על “פוליטיזציה” בצבא והטענות על “מלחמת גנרלים” בצה”ל, אמר דדו:
(דברי דדו בנלואם עמ 88 – 93)
(דברי דיין עמ’ 93 – 94)
(דברי שמגר עמ’ 95 – 97)
חיים בר-לב שקדם לדדו בתפקיד הרמטכ”ל ושימש כמפקד חזית הדרום במלחמה, שלל את ההאשמות שהטיח שרון גם בו. הוא קרא למצות נגדו את הדין ובהתייחסו לטענות ששרון הפר פקודות אמר:
דברי בר-לב עמ’ 103 – 107
בדיון שהתפתח עלה מדברי כל השרים חרדה עמוקה לדמותו של צה”ל – לדרך שבה הולך הצבא, ל”מלחמות הגנרלים” ולשחיקה בתדמיתו בעיני הציבור שניזון מטענות כמו אלו של שרון. בעניין ההצעה להעביר את העניין לוועדה תמכו מרבית הדוברים בהרחבת סמכויותיה ובהעברת העניין לחקירתה גם אם הוא חורג מהסמכויות וממסגרת הזמן שנקבעה לה. למשל יוסף בורג הציע להרחיב את סמכויות הוועדה לבדיקת הטכנות על אי מילוי פקודות של שרון:
שמעון פרס הציע להרחיב את תקופת הזמן שחוקרת ועדת אגרנט לכל ימי המלחמה. פנחס ספיר הביע דעה דומה וכך גם זרח ורהפטיג. עם זאת הגן ורהפטיג על זכותו של שרון לומר את דבריו כי הוא אזרח, ואמר:
חריף מכולם היה סגן ראש הממשלה יגאל אלון. הוא תקף במילים קשות את דרך טיפולם של שר הביטחון והיועץ המשפטי בעניין התלונות נגד שרון, והגדיר אותו “טיפול אומלל”. אלון ביקר את הסלחנות שבה נהגו כלפי מפקד אוגדה 143 במלחמה ש”ציפצף”, לדבריו, על המשמעת הצבאית. הוא החמיר במיוחד עם יריבו הפוליטי דיין ואמר:
אלון הציע שוועדת אגרנט תבדוק את כלל תלונותיו של האלוף גונן ואם לא תוכל לעשות זאת, להקים ועדת חקירה ממלכתית מיוחדת לשם כך. הוא הוסיף:
………………..
(דברי יגאל אלון במלואם: עמ’ 122 – 131 )
שר הביטחון דיין הסביר את מהלכיו בפרשת התבטאויותיו של שרון. הוא התייחס בדבריו לשאלה אם היה ראוי להדיח את שרון תוך כדי המלחמה, ולהדחתו של גונן (גורודיש) מפיקוד על חזית הדרום אחריה, ואמר:
(דברי דיין במלואם: 131 – 136)
לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה הסביר את מהלכיו בהקשר לטענות נגד שרון (עמ’ 139-136) התייחס השר חיים בר- לב לדבריו של דיין בעניין הדחתו של שרון במהלך המלחמה:
ראש הממשלה מאיר הסתייגה מההצעה להרחיב את סמכויות הוועדה רק לשם לבדיקת האשמותיו של גונן והתריעה שהאופוזיציה תראה בכך צעד פוליטי נגד שרון, שכיהן כחבר כנסת מטעם הליכוד. בהחלטותיה חזרה הממשלה על שלילת דבריו של שרון ומשמעויותיהם ונתנה גיבוי לרמטכ”ל. בעניין הוועדה קבעה הממשלה:
סמכויותיה של ועדת אגרנט לא הורחבו.
לפרוטוקול המלא של הדיון, א- 62/2