זמן קצר לאחר הכרזת העצמאות, זנח הנשיא מקריוס את רעיון ה”אנוסיס” והעדיף להיות שליט עצמאי, שאיננו מקבל הוראות מאתונה. כמו-כן, שאף לבטל את זכויות היתר שהעניקה החוקה לטורקים, זכויות שהיו מעל ומעבר לחלקם באוכלוסייה. מעתה, תבע לעצמו מקריוס זכות ל”הגדרה עצמית”, דהיינו, קפריסין עצמאית, בה שולט הרוב היווני ללא הגבלות, תוך הבטחת זכויות המיעוט הטורקי. מאידך, שאף מיעוט זה לשמור על זכויות היתר שהשיג, ובכך נתמך על-ידי ממשלת אנקרה. נוצר איפוא מצב שבו היוונים-הקפריסאים השתחררו מהתלות ב”מדינת האם” שלהם יוון – ואילו התלות הטורקית-קפריסאית ב”מדינת הלאום” שלהם – טורקיה – הלכה וגברה.
ב-30/11/1963, הגיש הנשיא מקריוס לסגנו, פאזיל קוצ’וק, הצעה לתיקונים בחוקה, שנועדו לבטל את זכויות היתר שהשיגו הטורקים. בעיקר זכות ה”ווטו”, חלוקת העיריות ומספר המשרות בשירות המדינה.
הצעות מקריוס נדחו הן על-ידי ממשלת אנקרה והן על-ידי העדה הטורקית. בדצמבר 1963 הובילו המחלוקות לפרוץ מהומות בין-עדתיות בניקוסיה הבירה ובאזורים אחרים, שבהן נגרמו לשני הצדדים אבידות בהרוגים ופצועים. המהומות נשנו בפברואר 1964.
החלטת האו”ם בענין קפריסין, 4 במארס 1964 ותוצאותיה
מועצת הביטחון של האו”ם, שהתכנסה לבקשת בריטניה וקפריסין לדון במצב קפריסין, החליטה ב-4 במארס 1964 לשגר לקפריסין כוח לשמירת השלום שנקרא United Nations Peace-Keeping Force in Cyprus ובקיצור “UNFICYP”.
הכוח היה אמור להישאר בקפריסין שלושה חודשים, אך המנדט שלו הוארך מדי פעם. כן מינה המזכיר הכללי של האו”ם, או-טאנט, את הדיפלומט גאלו פלאזה מאקוודור, לחקור את הסיבות למשבר בקפריסין ולהגיש המלצות. בדוח שהגיש נאמר, כי אין לפתור את בעיית קפריסין על-ידי השבת הסטטוס-קוו ששרר בתקופה שלפני דצמבר 1963. הוא המליץ על מציאת פתרון חדש העולה בקנה אחד עם עקרונות מגילת האו”ם [Political Dictionary of the Middle East in the Twentieth Century, p.100].
ביוני 1964, גבר שוב המתח, וטורקיה הכריזה על כוונתה לפלוש לאי. היא נאלצה לוותר על כוונתה עקב התערבותו של נשיא ארצות-הברית, ג’ונסון, אשר הודיע לאינונו, ראש ממשלת טורקיה, כי אם תתקוף טורקיה, לא תושיט לה ארצות-הברית סיוע במקרה של התערבות מצד ברית-המועצות. אולם, באוגוסט 1964, שיגרה טורקיה מטוסים של חיל האויר שלה להפציץ יישובים יוונים בצפון קפריסין, כתגמול על התקפות היוונים על כפרים טורקיים.
התנגשויות דמים בין שתי העדות פרצו שוב בנובמבר 1967. טורקיה חזרה על כוונתה לפלוש לאי, אך שוב נאלצה לוותר לאחר התערבותה של ארצות-הברית.
