ב- 1 במרס הגיש מפקד חיל הים, האלוף שלמה אראל לשר הביטחון, משה דיין דוח סודי בן 87 עמודים על אובדן ה”דקר”, שכלל סיכום קצר ו-13 נספחים מפורטים. הדוח ריכז את העובדות, הנתונים, המשמעויות והמסקנות העובדתיות כפי שהיו ידועות אז למפקדת חיל הים אך לא כלל לקחים. בניתוח האפשרויות שגרמו לאובדן הצוללת שלל הדוח אפשרות של ליקוי הנובע מגילה של הצוללת, מצבה הטכני והשינויים שבוצעו בה. בדוח נכתב כי השינויים במבנה הצוללת אף שיפרו במידה רבה את יציבותה. כמו כן נשללה האפשרות של ליקויים בהרכב הצוות ובאופן הכשרתו. הדוח הביא שלוש סיבות אפשריות לאובדן הצוללת: א. תקלה טכנית או צירוף כלשהו של שגיאת אנוש ותקלה טכנית. ב. פעולה עוינת של הצי הסובייטי – אפשרות שלא ניתן לבטלה לחלוטין. ג. האפשרות של התנגשות בכלי שיט אחר, שהדוח מייחס לה סבירות נמוכה יותר בהיעדר כל זכר ועדות לכך. הדוח ניתח את האפשרויות לגילוי שרידי הצוללת על קרקעית הים וקבע כי לא ניתן לעשות זאת בכוחות ובאמצעים שעומדים לרשות ישראל. מחברי הדוח העריכו שהפעולה תמשך שנים, שאין וודאות שהצוללת אכן תמצא אי פעם, ושגם אם תמצא לא ניתן יהיה לקבוע באופן חד משמעי את הסיבות לטביעתה או לאתר את גופות אנשי הצוות. הדוח ממליץ לקבוע כי אנשי הצוות טבעו עם הצוללת במצולות הים ואינם יותר בין החיים. הדוח היה מקיף אך יצא בתפוצה קטנה ולא הובא לידיעת הציבור. הדוח שמור בתיקי חיל הים בארכיון צה”ל אך אינו פתוח לעיון הציבור משום שטרם עברו חמישים שנה ממועד כתיבתו. אנו מודים לארכיון צה”ל על העמדת המידע על עיקריו של הדוח לרשותנו.
ב-6 במרץ התכנסה הממשלה שוב. בישיבה זו מסר שר הביטחון על פגישתו הטעונה עם בני המשפחה של צוות ה”דקר”, ופרס את הנוסח המוצע להכרזה במליאת הכנסת על “דקר” ואנשי צוותה כאבודים. שרי הממשלה הגיבו על הנוסח המוצע והציעו תיקונים לו. באותה ישיבה הסביר דיין מדוע נדחתה ההכרזה בחודש שלם מאז הפסקת החיפושים ומדוע לא ניתן עוד לדחות את ההכרזה. יש להבהיר למשפחות ולציבור בצורה מוחלטת שאין מקום לתקווה. הוא ציין שזו גם דרישת הרב הראשי לצה”ל שראה צורך להתיר את העגונות ולאפשר למשפחות לשבת שבעה. באותה ישיבה נקבעו גם טקסי האבל לזכרם של אנשי צוות ה”דקר”. דיין הבהיר באופן חד משמעי שלישראל אין כל תכנית להמשיך את החיפושים משום שהסיכויים למצוא את הצוללת הם אפסיים. עם זאת הוא קבע שאם בעתיד יהיו בידי צה”ל האמצעים הדרושים לכך – תבחן מחדש האפשרות להמשיך בחיפושים “וכן נמשיך לעקוב אחר כל סימן העלול להתגלות ולהצביע על מקום וסיבות טביעתה של הצוללת “דקר” (תעודה 14). ראש הממשלה לוי אשכול נשא בישיבה דברי הספד: “התכנסנו היום לאשר מתוך כאב: דקר וכל אנשי צוותה אינם. אין איתנו דברי ניחומים מרפאים את הכאב ואת היגון למשפחות אשר שכלו את יקיריהן. מכה קשה הוכינו בידי הים שכה התאכזר אלינו הפעם. בליבנו ביטחון מוחלט כי מלחינו, יקירינו, עשו כל שהיה בכוחם לעשות. ואנו עשינו עד כה כל שהיה אפשרי. עם ישראל כולו, מדינת ישראל והממשלה אבלים על חיילי “דקר” שנספו במצולות ים תוך מילוי תפקידם בצבא ההגנה לישראל. לבנו הולם עם המשפחות השכולות”
מאוחר יותר באותו היום הכריז שר הביטחון משה דיין בכנסת כי “דקר” ואנשי צוותה נחשבים אבודים. הוכרז יום אבל לאומי ודגלי הלאום ברחבי המדינה הורדו לחצי התורן. בסיום דבריו אמר דיין:
“נתמיד במשימת חייהם ונחשל את זרועה הימית של ישראל”. בתום הישיבה קרא יושב ראש הכנסת, קדיש לוז את שמות הנספים (תעודה 15).