כוח הפלנגות שנכנס למחנות הפליטים סברה ושתילה ב-16 בספטמבר בערב טבח שם מאות מתושביהם ובכלל זה נשים, ילדים וזקנים. הטבח הסתיים בבוקר ה-18 בספטמבר. בעקבות זאת התעורר בישראל, בציבור היהודי בתפוצות ובמדינות העולם זעם גדול שהופנה כלפי ממשלת ישראל וצה”ל על שאפשרו לטבח להתקיים בסמוך לעמדות חיילי צה”ל. לפיכך כינס בגין את הממשלה ב-19 בספטמבר בערב, במוצאי ראש השנה תשמ”ג.
בישיבה זו גינה בגין את הטחת הביקורת בצה”ל. הוא טען כי הממשלה אחראית לפעולות צה”ל. הוא נתן דוגמה מעברו האישי. במלחמת העצמאות החליטה המפקדה המקומית של אצ”ל בירושלים על דעתה, ללא התייעצות עם המפקדה הארצית (בראשה עמד בגין) לתקוף את הכפר הערבי דיר יאסין. אף שכיבוש דיר יאסין הסתיים בטבח תושבים ובביקורת גדולה נגד אצ”ל נמנע בגין, עד ליום כינוס ישיבה זאת, לחשוף זאת ולהתנער מאחריותו האישית לטבח בדיר יאסין. בגין הדגיש שלא צה”ל ביצע את הטבח במחנות הפליטים אלא הפלנגות. הממשלה קיבלה את ההחלטה הבאה (תעודה 1 ארכיון המדינה, א-4281/3).
ההודעה לא הרגיעה את הרוחות בישראל. הממשלה נדרשה להתמודד עם הפגנות סוערות בעקבות הטבח במחנות הפליטים. אחת הדרישות של המפגינים הייתה למנות ועדת חקירה ממלכתית שתחקור את העניין ותקבע מיהם האחראים לטבח.
בתחילה התנגד בגין לדרישה זו. הוא הביא על כן לממשלה ב-24 בספטמבר הצעה להטיל על נשיא בית המשפט העליון למנות בודק יחיד או צוות בדיקה שיבדוק את “העובדות הקשורות במעשה הזוועה שבוצע על ידי יחידה מן הכוחות הלבנוניים בביירות”. אלא שבדיקה זו לא הייתה צריכה להתקיים לפי “חוק ועדות חקירה תשכ”ט-1968”, ואילו התקיימה היו מבצעיה נעדרי סמכויות מיוחדות ולהמלצותיהם לא היה משקל מחייב. הממשלה קיבלה את הצעת בגין (תעודה 2 ארכיון המדינה, א-4281/4).
רבים בציבור הישראלי ואף בהנהגת המדינה שללו גישה זו ודרשו מינוי ועדת חקירה ממלכתית בעלת סמכויות מלאות. ב-20 בספטמבר נפגש נשיא המדינה יצחק נבון עם ראש הממשלה מנחם בגין ולאחר מכן הוציאה לשכתו הודעה לציבור לפיה “איננו רשאים ואיננו צריכים לעבור לסדר היום, כלפי עצמנו וכלפי דמותנו בעיני עצמנו וכן כלפי אותו חלק מהעולם שאנו רואים עצמנו חלק ממנו – חובתנו היא לברר בהקדם ובאופן מדויק, על ידי אנשים מהימנים ובלתי תלויים, את כל מה שאירע בפרשה אומללה זו, ואם יחייב הדבר – להסיק במלואן את המסקנות מבדיקה זו” (פורסם ב”ידיעות אחרונות” ב-21 בספטמבר 1982, עמ’ 5). מדברים אלה היה ברור כי הנשיא הטיל את מלוא כובד משקלו למען הקמת ועדת חקירה ממלכתית. אחד הביטויים לדרישה הציבורית להקמת הוועדה היה הפגנה שארגן המערך במוצאי שבת 25 בספטמבר בכיכר מלכי ישראל בתל אביב (לימים כיכר רבין). הפגנת המונים זו הייתה אחת הגדולות בתולדות המדינה והיא כונתה “הפגנת ה-400,000”. ב-28 בספטמבר כינס בגין את הממשלה והציע להקים ועדת חקירה ממלכתית. הממשלה קיבלה את הצעתו (תעודה 3 ארכיון המדינה, א-4281/4).
בהתאם לחוק מינה השופט כַּהַן את חברי הוועדה. הוא מינה את עצמו לעמוד בראשה ולצדו מינה שני חברים נוספים בה: שופט בית המשפט העליון אהרן ברק והאלוף במילואים יונה אפרת.
