בשנת 1961 החלו היחסים בין ישראל לדרום אפריקה להידרדר. תרמו לכך התנגדותה העקרונית והמוסרית של ממשלת ישראל למדיניותה הגזענית של דרום אפריקה ושיקולים מדיניים. בסוף שנות החמישים ובמחצית הראשונה של שנות השישים קיבלו רבות ממדינות אפריקה את עצמאותן המדינית ושרת החוץ גולדה מאיר, שהתנגדה בחריפות למדיניות ההפרדה הגזעית, הציבה את יחסיה של ישראל עם מדינות אפריקה השחורה כאחד מהיעדים המרכזיים של מדיניות החוץ של ישראל. ככל שהתהדקו יחסי ישראל עם מדינות אפריקה השחורה כן גברה דרישתן של מדינות אלו מישראל לצנן את יחסיה עם ממשלת פרטוריה. באפריל 1961 דנה העצרת הכללית של האו”ם בהצעת החלטה מספר 1598 שגינתה את מדיניות ההפרדה הגזעית של ממשלת דרום אפריקה ודרשה להטיל עליה סנקציות. לקראת ההצבעה על הצעת ההחלטה אמרו נציגים של מדינות אפריקניות אחדות לנציגי ישראל באו”ם כי הצבעתה של ישראל תשמש אבן בוחן ליחסיה עם מדינות אפריקה השחורה (תעודה 1).
ג’ומו קניאטה, ראש ממשלת קניה, נואם בטקס הנחת אבן פינה לבניין החדש של שגרירות ישראל בניירובי. מצד ימין, שרת החוץ גולדה מאיר. 9 בדצמבר 1963, לע”מ
ישראל הצביעה בעד גינוי דרום אפריקה אך נמנעה בהצבעה על הטלת סנקציות עליה (תעודה 2). ההצבעה זכתה להתייחסות מועטה בדרום אפריקה (בשל התעלמות הציבור הדרום אפריקני מהנעשה באו”ם). תשומת לב רבה יותר העניקו תושביה לאירוע אחר, שהתרחש זמן לא רב לאחר מכן. ביולי 1961 ביקר בישראל נשיא וולטה עילית, מוריס יאמאוגו (Maurice Yameogo). בהצהרה המשותפת לו ולראש הממשלה בן גוריון נכללה פסקה ובה גינוי חריף לאפרטהייד בדרום אפריקה (תעודה 3). התגובות בדרום אפריקה לא איחרו לבוא. בעיתון האפריקנרי Die Transvaler, שופרה הרשמי למחצה של מפלגת השלטון (המפלגה הלאומנית), פורסם איום מרומז על ישראל: דרום אפריקה, שהייתה ידידותית לישראל עד כה, עלולה להצהיר על תמיכתה בשיבת הפליטים הערבים לארץ-ישראל. העיתון גם הוסיף איום ברור ובו תביעה מפורשת מן היהודים בדרום אפריקה כי ‘יבהירו את המצב לבני עמם בירושלים’ (תעודה 4).
נשיא וולטה עילית, מוריס ימאוגו, מבקר בבית הנשיא יצחק בן צבי ורעייתו. מצד שמאל, שרת החוץ גולדה מאיר, 5 ביולי 1961. צלם: פאול גולדמן, לע”מ
חלפו כמה חודשים ובאוקטובר 1961 גינתה עצרת האו”ם את נאומו של שר החוץ הדרום אפריקני אריק לואו (Eric Louw) בעצרת. ישראל התנגדה לנוסח המקורי של ההחלטה על מחיקת נאומו של לואו מפרוטוקול העצרת, אך הצטרפה לגינוי של נאומו יחד עם הגוש האפרו-אסיאתי ועם הגוש הסובייטי. חוגים רחבים בדרום אפריקה, בכלל זה העיתונות היהודית, גינו צעד זה בחריפות והוא הציב את ישראל בעמדת מחלוקת עם הקהילה היהודית בדרום אפריקה. המצב אף החמיר כשישראל הצטרפה להחלטת הגינוי של דרום אפריקה על מדיניות ההפרדה הגזעית שלה, שהוכנה בדיונים בוועדה הפוליטית של העצרת הכללית (הערת העורך – תעודה 5).
