כ-20 יום לאחר הפלישה כתב הדס דו”ח נוסף למחלקת אירופה על המצב בצ’כוסלובקיה על פי מידע שקיבל ממשרד החוץ בבון: “ההנהגה של דובצ’ק מוסיפה לפעול להנהגת האמצעים המוכתבים ממוסקבה. עם זאת אין הסובייטים שבעי רצון מקצב פעולתו של דובצ’ק, הנמצא תחת לחץ סובייטי עז לזרז את קצב הנהגת האמצעים הסובייטיים…ועל רקע זה יש לראות גם את בואו של קוזנצוב לפראג כדי לעמוד מקרוב על מצב העניינים ולזרז את הקצב. בואו של קוזנצוב עשוי גם להצביע על יוזמות סובייטיות חדשות כגון זירוז קצב החלפת אישי ההנהגה לרבות דובצ’ק… גוברת הביקורת הציבורית הצ’כית העקיפה על דובצ’ק, אך אין עדין ביקורת גלויה אולם היא צפויה. הירידה הבלתי נמנעת בפופולאריות של דובצ’ק היא עדיין שאלה של זמן… את העניינים בצ’.ס.ס.ר [צ’כוסלובקיה] מנהל לכאורה דובצ’ק אך למעשה נראה כי אינו אלא בובה המופעלת על ידי הסובייטים… הצנזורה הולכת ונעשית נוקשה יותר. כללית יותר נראה כי הליברליזם הקומוניסטי הצ’כי חוסל”. את התגובות הרשמיות מן המערב סיכם המקור של הדס במשרד החוץ הגרמני כפסיביות וחלשות, דבר שכנראה הפתיע את הסובייטים ועל כן עלול לעודד אותם ליוזמות נוספות. כמו כן הוכיחו האירועים, לפי אותו מקור, שמדינות המערב הפריזו בהערכת החשיבות שמייחסים הסובייטים לתגובות דעת הקהל.
ב-27 באוגוסט שלח זאב ש”ק למשרד החוץ את חוות דעתו על האירועים בצ’כוסלובקיה. ש”ק כתב שבברית המועצות היו הדעות חלוקות לגבי הפלישה לצ’כוסלובקיה ועל כן לא נערכו הסובייטים היטב לפלישה ולתוצאותיה. קוסיגין למשל התנגד לפלישה מתוך שיקולים של מדיניות חוץ ביחסים הבין-גושיים, מתוך חשש ליוקרתה של ברית המועצות ומתוך חשש לזעזוע במפלגות הקומוניסטיות במערב. ראשי הצבא והעומדים בראש שרותי הביטחון דווקא תמכו בפלישה מנימוקים שונים – כדי להבטיח את הגבול המערבי של אמנת ורשה, בשל האמונה שהמהפכה תשלוט רק בכוח, מתוך יצר שלטון ומתוך חשש שהליברליזציה בצ’כוסלובקיה תתגלה כמחלה מדבקת שתתפשט אל כל הגוף כולו ותגיע עד הלב במוסקבה. ש”ק העריך שהפלישה אמנם תוכננה היטב מבחינה צבאית אך לא מבחינה מדינית. לסובייטים היו הערכות מוטעות שלאחר הפלישה תקום בתוך שעות ממשלה נאמנה למוסקבה והכול יתפתח כמו בהונגריה ב-1956. הוא הצביע על יסוד כלכלי מובהק בהחלטת ברית המועצות על הפלישה: התעשייה הכבדה הצ’כית, כולל תעשיית הנשק, עבדה אך ורק לפי צרכי ברית המועצות. היא אפשרה לרוסים תכנון יעיל של סיוע חוץ והוסיפה יוקרה והשפעה לזרוע המדינית של ברית המועצות. ש”ק הציג כדוגמה את עסקאות הנשק במזרח התיכון. צ’כוסלובקיה הייתה גם ספק חשוב של אורניום לברית המועצות, המדע הצ’כי הועמד כולו בשרות ברית המועצות, הייצור והשיווק של התעשייה הקלה הותאמו לצרכים של ברית המועצות, תחבורת הייצוא הסובייטי למערב עברה בחלקה הניכר דרך צ’כוסלובקיה וזו קנתה סחורות מברית המועצות כמעט ללא אבחנה לפי ההיצע. צ’כוסלובקיה לא ערערה במשך שנים על מצב זה. הם היו “הילדים הטובים” של המהפכה ומי יוותר מרצונו הטוב על הפרה החולבת הזו? לדעת ש”ק הייתה החרדה מאובדן משענת כלכלית זו גדולה לפחות כמו חרדת הליברליזם (תעודה 32).
לאחר הצהרת ברטיסלבה יצאו הכוחות הסובייטים מפראג ומעריה האחרות של צ’כוסלובקיה אך נותרו מוצבים לאורך גבולות המדינה. דובצ’ק נלקח בחטף למוסקבה ונחקר. הוא הושב אמנם לצ’כוסלובקיה אך מעמדו נגזל ממנו בשלבים: תחילה פוטר מתפקיד מזכ”ל המפלגה והפך ליושב ראש הפרלמנט הצ’כוסלובקי. אחר כך התמנה לשגריר צ’כוסלובקיה בטורקיה ולבסוף היה למפקח על היערנות בברטיסלבה. זאב ש”ק טען כבר ב-26 באוגוסט, במברק למשרד החוץ, שסיכוייו של המאבק לליברליזם בצ’כוסלובקיה קלושים: “כאשר יחזרו מנהיגי צ’כוסלובקיה ממוסקבה הם עלולים להיתקל בהתנגדות וזה יעמידם בפני ברירה להפוך למשתפי פעולה עם הרוסים בעיני דעת הקהל או להפר הסכמים אשר בעקבותיהם יבוא דיכוי מחודש” (תעודה 33). בהערכה, שלא לייחוס מפי מנהל מזא”ר בבון, דיווח הדס שסיכום שיחות מוסקבה אינו מתפרש כפשרה אלא ככניעה צ’כית מוחלטת. אנשי ההנהגה הצ’כית שוחררו אמנם אך למעשה בונים הסובייטים על קרע בין דובצ’ק ובין הציבור בצ’כוסלובקיה. דיפלומט סובייטי בכיר הדליף למקורות נאט”ו כי המאמץ הסובייטי מכוון להצגת דובצ’ק כבוגד בצ’כוסלובקיה. דגן השיב לזאב ש”ק שהערכתו היא שהרוסים הסכימו לשובו של דובצ’ק ואנשיו מפני שעדיין לא הצליחו בעצמם להקים ממשלה של משתפי פעולה, שראו בוויתורים שעליהם הסכימו הצ’כים במוסקבה הבטחה מספקת שיוכלו להכשיל את דובצ’ק ולהפילו מבפנים. נוכחות הצבא הסובייטי, חידוש הצנזורה וויתור על מדיניות כלכלית עצמאית לא יאפשרו לדובצ’ק להעלות את רמת החיים ויביאו לירידת הפופולריות שלו ממילא. בינתיים מקווים הסובייטים שיצליחו להכין קבוצה שתחליף את דובצ’ק (תעודה 35).
חודשיים לאחר פלישת ברית המועצות לצ’כוסלובקיה, ב-21 באוקטובר, כתב ניצן הדס למשרד החוץ שהגרמנים מעריכים שמצבה של הנהגת דובצ’ק בפראג הלך והחמיר אחרי הפלישה. השיחות שאליהן הוזמן דובצ’ק במוסקבה היו יותר בגדר הכתבת הוראות מאשר שיחות. הסובייטים החלו לנהל את ענייני צ’כוסלובקיה מעל הראש של דובצ’ק, הם תבעו להמשיך במדיניות של טיהורים ומאסרים, ומשפטי ראווה שיצדיקו את התערבותם, פראג מלאה אנשי ביון ומשטרה חשאית סובייטים. את דובצ’ק ואנשיו הביאו אל ה”שיחות” כשהם אסורים באזיקים, הכו אותם בגסות והם הוחזקו במאסר בתנאים קשים, משוכנעים שעומדים להוציאם להורג. היהודים מבין הרפורמיסטים חוו יחס אנטישמי ועוין במיוחד. האווירה בפראג הייתה פסימית במיוחד. באוקטובר עדיין מנה הצבא הסובייטי בצ’כוסלובקיה כ-600 אלף איש. בשיחה עם נציג רדיו פראג בגרמניה אמר הלה, בעצמו חבר המפלגה הקומוניסטית, שהחיילים הסובייטים בצ’כוסלובקיה מתנהגים בגסות וחיילים רבים מהם מוצאים להורג על ידי מפקדיהם בעקבות מעשי ביזה או אונס: “הרוסים מתנהגים כללית כצבא כיבוש” (תעודה 36). דובצ’ק הוחלף באפריל 1969 על ידי מועמד שהיה מקובל הרבה יותר על השלטון במוסקבה – גוסטב הוסאק. אמנים ואינטלקטואלים רבים היגרו מן המדינה רגע לפני שהגבולות נסגרו על ידי השלטון. הפלישה הצליחה לעצור את מגמות הדמוקרטיזציה של המדינה וחיזקה את מעמדה של המפלגה הקומוניסטית בצ’כוסלובקיה. המדיניות הקשה של ברית המועצות מול מדינות הגוש הקומוניסטי קיבלה משנה תוקף עם פרסום דוקטרינת ברז’נייב בנובמבר 1968 שקבעה במפורש כי כל איום פנימי או חיצוני על הסוציאליזם מהווה סכנה לביטחון המדינה ולכן המדינות הקומוניסטיות יתערבו וידכאו איומים אלה. הוסאק ניקה את המפלגה מן הרפורמיסטים, הוביל מגמה של ריכוזיות חזקה יותר של השלטון והרחיב את סמכויות המשטרה החשאית שהטילה אימה. צ’כוסלובקיה הסכימה לשמור על השקפות הקומוניזם בתמורה להבטחת איכות חיים טובה.