אירוע זה היה אחד מיני רבים מאז שנות ה- 30 של המאה ה- 20 ששיקפו את שיטתו של סטאלין לביסוס השלטון, שבמרכזה חיסול בכוח של כל התנגדות אפשרית לשלטון, בין אם אמיתית או מדומה. טרור ממשלתי זה הופנה בעיקרו כלפי ראשי השלטון והצבא, סופרים, אמנים ומדענים אך גם אזרחים פשוטים שעלה נגדם חשד קל לפקפוק בשלטונו של סטאלין. לשם כך נעזר סטאלין במנגנון טרור גדול ומסועף של משטרה חשאית. טיהורים אלו כללו עינויים, עבודות כפייה בגולאג, הגליה, הוצאות להורג, כליאת אנשים, ועריכת משפטי ראווה, והיקפם כלל מיליוני בני אדם. בעקבות הטיהורים הגדולים השיג סטאלין כוח כמעט אבסולוטי כנגד מתנגדיו במפלגה הקומוניסטית ויריביו האידאולוגיים. אחד האירועים הבולטים שקדמו למשפט הרופאים היה הוצאתם להורג באוגוסט 1952 של שלושה עשר מן האישים הבולטים בקהילה היהודית בברית המועצות, שכונו “הרוגי המלכות” ושנקשרו עם “הוועד היהודי האנטי-פשיסטי” – הארגון היהודי-סובייטי אשר הוקם באמצע מלחמת העולם השנייה במטרה לסייע לברית המועצות במלחמה נגד גרמניה הנאצית אך פוזר ב- 1948, עם תחילת הרדיפות נגד אנשי התרבות היהודית, בטענה שהפך למרכז “תעמולה אנטי-סובייטית . שלמה מיכאלס, יושב ראש הוועד, נרצח על ידי אנשי המשטרה החשאית הסובייטית בתאונת דרכים מבוימת בשנת 1948, ארבע שנים לפני ההוצאה-להורג ההמונית. בשנת 1949 נעצרו חלק מחברי הוועד והואשמו באי נאמנות לשלטון, בניהול תעמולה אנטי-קומוניסטית ובקשירת קשר ליצירת רפובליקה יהודית בחצי האי קרים. לאחר מות סטאלין בשנת 1953שוחררו חברי הוועד שנותרו בחיים ואשר היו אסורים בבתי הכלא. שמם של חברי הוועד שנשפטו בשנים 1949–1952 טוהר בשנת 1956.
ובחזרה למשפט הרופאים: תשעה ימים אחרי העמדתם של הרופאים למשפט, ב- 22 בינואר כתב שגריר ישראל במוסקבה, שמואל אלישיב דו”ח אל משרד החוץ בירושלים על הפרשה (תעודה מס’ 1, חצ 2457/14) על פי הניתוח שלו פעולה זו “מופנית נגד יהודי ברית המועצות ואחד מתפקידיה הוא – לנתק לגמרי כל קשר ביניהם לבין יהדות העולם. מבחינה זו עניין הרופאים הוא המשך לעניין פראג”. עם זאת קובע אלישיב שמסע ההשמצה בברית המועצות מכוון, לפחות לפי שעה, נגד הציונות, ולא נגד מדינת ישראל. הוא מצטט מאמר שהופיע בברית המועצות ומתייחס לאירועים בפראג שטוען שההסתדרות הציונית (ולא נציגות ישראל) היא שניצלה את הציונים שחדרו לתוך הצירות. אלישיב מעריך שהפעולה האנטי יהודית היא רק אחד מן הגורמים לאירוע אך לא היחיד. מן העיתונות הוא למד על דיון ברשלנות המוסדות הממונים על מערכת הביטחון הפנימי ומכאן הוא מסיק שהעיקר הוא: “מלחמת איתנים בין כוחות שונים בצמרת השלטון… ועוד מטרה…להגביר את הפיקוח המשטרתי על האוכלוסייה, להטיל פחד עליה, להשליט משטר שיעשה לבלתי אפשרית כל פעולה שהיא, העלולה להזיק לשלטון…”. המסקנה המעשית של אלישיב היא ש”כל עוד לא נגעו במדינת ישראל במפורש, עלינו, בתור מדינה…להימנע מכל תגובות. יתכן שיחול כאן משהו שיחייב אותנו לתגובה נמרצת. יתכן גם, שכתוצאה מכך יבוא ניתוק קשרים, או צמצום הצירויות אהדדי עד למינימום, אך אין אנו צריכים לדחוק את הקץ, ואנו צריכים להיזהר מעשיית דברים, שיעוררו כאן פגיעה ישירה במדינת ישראל”.
היחסים בין ישראל וברית המועצות אכן נותקו זמן קצר אחר כך, כפי שניבא אלישיב, ב- 11 בפברואר, לאחר שאנשי מחתרת צריפין הטמינו פצצה בשטח הצירות הסובייטית בתל-אביב. מעניין לציין שבדו”ח נוסף שמופיע בתיקים (תעודה מס’ 2, חצ 2457/14), יום אחד בלבד לפני הפיצוץ בצירות הסובייטית בתל-אביב וניתוק היחסים, עדיין מתעקש אלישיב שהיעדים העיקריים להתקפה הם – התנועה הציונית והג’וינט ויש גם מגמה אנטי יהודית מובהקת בהתקפות שמוסבות בעיקר כלפי אינטלקטואלים יהודיים, אך מדינת ישראל “אינה משמשת עדיין מטרה לחצים. עוד לא נאמר עליה שהיא מתערבת בעניינים פנימיים של ברית המועצות, כפי שזה נאמר בצ’כיה ובפולין”. ובכל זאת השימוש במונח “עדיין” מלמד שבעיניו אין זה סוף הפרשה וצפוי שגם מדינת ישראל תותקף לבסוף. דו”ח זה נכתב בתשובה לשאלותיו של ש. בנצור ממחלקת מזרח אירופה במשרד החוץ (תעודה מס’ 3, חצ 2507/7) באשר למגמות האנטי ציוניות המתגברות בברית המועצות וגרורותיה, הפגיעה האפשרית בעלייה מארצות אלה ובקשה להעריך את הסיכויים לניתוק היחסים הדיפלומטיים עם ישראל.
ב-4 באפריל 1953, כחודש לאחר מותו של סטאלין, שוחררו הרופאים בטענה שנמצא כי הם חפים מפשע והודאותיהם נתקבלו באמצעי לחץ. בהמשך נאמר כי האחראים לעלילה נאסרו ונענשו. שחרור הרופאים היה הסנונית הראשונה של תקופת ההפשרה שלאחר מות סטאלין וזמן לא רב לאחר מכן, ב-20 ביולי 1953, נמסרה הודעה על חידוש היחסים הדיפלומטיים בין ברית המועצות למדינת ישראל.
דיון בישיבת הממשלה על משפט הרופאים:
כצפוי הניבו האירועים בברית המועצות דיון מעניין בישיבת הממשלה, חמישה ימים לאחר פתיחת משפט הרופאים במוסקבה. מחילופי הדברים בין השרים בישיבה שהתקיימה ב- 18 בינואר 1953 (תעודה מס’ 4), ניתן להבין שבאותו זמן לא היו לממשלת ישראל ידיעות ברורות על האירועים בברית המועצות. השר משה שפירא העלה את השאלה עד כמה היה האירוע מכוון נגד יהודים. הוא ציין ש”כנראה ברוסיה עומדים בפני טיהור רחב מאוד ועלינו להיות זהירים שאנו לא נרצה לראות בזה רק נקודה יהודית. אם אנו מדגישים יותר מידי את הנקודה היהודית זה עלול להיהפך לנקודה יהודית. אין אני יודע מה קרה ברוסיה, אבל כנראה שהעניינים שם רציניים מאוד וטוב יהיה אם אנו עוד נחכה להתפתחות העניינים”. השר פנחס לבון ענה לו שיש כאן עניין נגד היהודים. כיוון שגם לא יהודים אשר עומדים שם למשפט מואשמים בהיותם שליחים של ארגון בינלאומי יהודי – הג’וינט. השר שפירא חזר והתעקש שהבחירה בג’וינט מלמדת על החרפת היחסים של ברית המועצות עם אמריקה דווקא וישראל היא לא במוקד העניין. ועל כן הוא מתנגד להצעה, שהועלתה בישיבה, להביא את עניין ההסתה נגד עם ישראל בפני האו”ם: “אנו איננו צריכים כבר לעשות את השליחות של אמריקה ושהם יראו בזאת התגרות שלנו ברוסיה”.
השר משה שפירא היה בדעת יחיד. חבריו לממשלה ראו באירועים ביטוי מובהק של אנטישמיות. כך דינור בדבריו וכך גם גולדה: “במשפטי פראג לא הסתפקו בהעמדת יהודים למשפט, אלא היו מעוניינים להציג את העם היהודי כנאשם במשפט זה, היו מעוניינים להציג ארגון בינלאומי יהודי – ההסתדרות הציונית ואת מדינת ישראל כחלק של ארגון אחד כולל, כלומר היהדות הבינלאומית העומדת כאויב נגד כל החלק הזה של העולם וזה חוזר עכשיו במשפט מוסקבה ועל זה אי אפשר לעבור בשתיקה”. השר לבון אף הוסיף ואמר ש”במשפטים הללו הוצגו מדינת ישראל והציונות כזקני ציון המחודשים, אשר תפקידם להרוס את העולם ולחבל בטובתם של עמי העולם…בתהליך כולל ואחיד המדינות (במזרח אירופה) מורות ומודיעות שהעם היהודי כעם והיהודים כיהודים וארגונים יהודיים מוסמכים ארגנו רצח, זהו עם של מרעילי בארות…”. עם זאת, בין אם ההסבר לאירועים הוא אנטישמיות ובין אם הוא הסבר אחר, יש בין המתדיינים הסכמה גורפת על כך שהודעת הממשלה שתבוא בעקבות האירועים בברית המועצות תכלול בהכרח דרישה להרשות את יציאת היהודים מברית המועצות נוכח הסכנה לקיומם שם והם משתמשים במינוח: “שלח את עמי”.
משפט הרופאים היה נקודת מפנה ביחסה של ממשלת ישראל כלפי ברית המועצות. עד לאותה השעה הקפידה על זהירות רבה בהתבטאויותיה לגבי מצב היהודים שם ולגבי זכותם לעלות ארצה, ועתה יצאו שריה בחריפות נגד מדיניותה של ברית המועצות בעניין זה. כחלק מן המערכה הציבורית נגד “מצדיקי הדין” (גופים בישראל שהצדיקו את משפט הרופאים) דברו שרי הממשלה על הצורך להיאבק בקומוניסטים בישראל שעוסקים בהסתה אנטי יהודית בתחומי המדינה. השר לבון אמר שממשלת ישראל היא ממשלה של כלל תושבי ישראל אבל היא גם ממשלה של מדינה שהדאגה לגורל היהודים הוא חלק אורגני של שליחותה ועליה לראות בהסתה נגד העם היהודי, המנוהלת על ידי ישראלים בשירות אינטרס זר והצדקת הסתה זו על ידיהם, מעשה עוין כלפי מדינת ישראל ולפעול בהתאם לתפישה זו. הדיון התמקד בשאלת הפעולה נגד מק”י, נגד העיתון “קול העם” ובתחולת חוק החסינות של חברי כנסת. גם בדיון על מק”י הציע השר שפירא קול מתון והצביע על כך שגם באמריקה “שבה יש “ציד מכשפות” די הגון, בכל זאת לא פרקו את התנועה הקומוניסטית ולא סגרו את העיתונות שלה, ואין אני חושב שאנו נוכל להיות הראשונים שנעשה דבר זה. אני חושב שיזיק להם יותר שאם על כל כתיבת מאמר מסויים נסגור את העיתון לחמישה ימים, ועל הישנות החטא נסגור עוד הפעם אנו צריכים להכביד את חייהם במידה כזאת שתחלש עבודתם והשפעתם על הנוער”. גם הפעם לבון חלק עליו ואמר שיש להתייחס בחומרה רבה לפעילות של מק”י נגד מדינת ישראל. הפעולה נגדם אינה על שום היותם קומוניסטים אלא משום שהם מייצגים תופעה יהודית חדשה וחמורה של יהודים שאינם נתונים בסד, להיפך, הם נתונים בחיי חופש, והם מקבלים על עצמם להיות הנושאים, המפיצים והמצדיקים תורת אנטישמיות חדשה במדינת ישראל. ולכן כל מעשה שיעשה נגדם אינו מעשה נגד הקומוניסט סתם אלא הוא מעשה נגד עוכרי ישראל המשתמשים בזכויות שמדינת ישראל נותנת להם כדי להפיץ שנאת ישראל.
בן גוריון, שלא השתתף בישיבת הממשלה, כתב יומיים אחריה מכתב לחברי הממשלה, בו התייחס בעיקר לסוגיית מק”י. להבנתו מדינת ישראל לא יכולה לעשות הרבה כדי לקעקע את שנאת ישראל בעולם בכלל ובברית המועצות בפרט אבל יש לה בהחלט השפעה על המתרחש בארץ והיא לא תאפשר לשונאי ישראל במוסקבה לקיים פה בגלוי ובתוקף החוק הישראלי סוכנים ומסייעים לשנאת ישראל (תעודה 5, חצ 2457/14). ובהזדמנות זו הוא טוען נגד השרים שהשתתפו בישיבה שלא נתנו מענה אמיתי לשאלה הזאת שהיא השאלה המרכזית שעמה ממשלת ישראל צריכה ויכולה להתמודד. מעניין שאירוע שמתרחש מחוץ לגבולות מדינת ישראל מייצר דיון שרובו מוקדש ל”אויב הפנימי”.
הנושא של משפט הרופאים נדון שוב בישיבת ממשלה מ- 1 בפברואר. שר החוץ, משה שרת הציע להיענות ליוזמה של חוגים ציוניים באירופה לכנס כינוס יהודי עולמי שמטרתו להשמיע את עמדת היהדות בעניין זה והביא נימוקים לעמדתו. בין השאר אמר שהאירועים בברית המועצות מייצגים לא אירוע חד פעמי אלא קו ברור שהולך ומתגלה בצורות שונות ושיש להיערך למערכה ממושכת לפני שהמצב יוחמר ומכיוון שברית המועצות לא אדישה לחלוטין לדעת הקהל העולמית – על מדינת ישראל לעורר אותה להגיב כנדרש. ב- 10 בפברואר התרחש כאמור הפיגוע בצירות הסובייטית בתל-אביב וברית המועצות הודיעה על ניתוק היחסים עם ישראל. בישיבות שהתקיימו ב- 10 בפברואר וב- 15 בו דנה הממשלה בניתוק היחסים. בן-גוריון הביע את תמיכתו בעמדת שרת בעד כינוס יהודי עולמי. לדבריו – גם אם מדינת ישראל לא תשתתף בכינוס באופן ישיר וגם אם לא תהיה ממנו תועלת ממשית יהיה זה אסון מוסרי אם ישראל לא תצרף קולה למחאה נגד גילויי האנטישמיות במזרח אירופה ותתבע את קיום היהדות וכבוד היהודים שם.