ב- 30 בינואר הודיעה מפקדת החיפושים הבריטית בקפריסין כי “הסיכויים למציאתה של הדקר קרובים לאפס”, וכי מבצע החיפושים הבינלאומי יסתיים עם שקיעת השמש ביום המחרת. מדינת ישראל הודתה למדינות השותפות לחיפושים. הרמטכ”ל בר-לב שלח מכתב לרמטכ”ל היווני בו הודה לו על על מאמצי הצבא היווני בחיפוש אחר “דקר”. (תעודה 8). מבצע החיפושים הישראלי נמשך עוד ארבעה ימים. ב- 2 בפברואר דיווח דניאל לאור, הציר הישראלי בנציגות ישראל באנקרה, כי הנספח הצבאי בנציגות פנה למטכ”ל הטורקי וביקש את אישורו לסריקת חלק מן החוף הדרומי של טורקיה על ידי אניות חיל הים ומטוס של חיל האוויר הישראלי. תשובת הטורקים הייתה שהם מוכנים לערוך חיפושים לפי הנחיות ישראל אך מסרבים לאפשר לישראלים לחפש בעצמם (תעודה 9). במברק נוסף למשרד החוץ העלה לאור הסברים אפשריים לסירובם של התורכים לאפשר לישראל לחפש את הצוללת בעצמה. בין השאר קבע שמדובר באזור רגיש שנמצא בין קפריסין ותורכיה, ובו ריכזו הטורקים לאחרונה כוחות לקראת פלישה אפשרית לאי קפריסין בו הייתה קיימת מחלוקת אלימה בין המיעוט הטורקי לרוב היווני. (הפלישה התרחשה לבסוף רק ב- 1974). הטורקים אינם מעוניינים שספינות זרות יעברו שם, ולמרות המצב יוצא הדופן אינם רוצים ליצור תקדים במתן היתר מיוחד לישראלים. (תעודה 10). ב- 4 בפברואר הכריז דובר צה”ל בשם המטכ”ל שיש לראות את הצוללת אח”י “דקר” על צוותה כנעדרת ועל כן הוחלט להפסיק גם בישראל את החיפושים אחריה (תעודה 11). שר הביטחון משה דיין מסר הודעה ברוח זו בישיבת הממשלה באותו היום . עם זאת המליץ דיין בישיבה להגדיר את צוות הצוללת בשלב זה כנעדרים ולא כאבודים. הוא ציין שיתכן שהצוללת לא תמצא לעולם משום שאין בנמצא מכשור שמאפשר צלילה לעומקים שבהם טבעה הצוללת, וכמו כן מדובר בשטח רחב ובלתי מוגדר דיו. עוד מסר דיין שמצב המלחמה שבו שרויה ישראל עם מדינות אחרות בים התיכון מקשה על הסקת מסקנות, ולכן לא ניתן לשלול את האפשרות שאנייה מצרית או רוסית פגעה בה ושאנשי צוותה נלקחו בשבי. על כן לא ניתן להגיד בוודאות שהצוללת טבעה ויש להמתין לממצאים נוספים טרם יוכרזו אנשי צוותה כאבודים. שרים אחרים הציעו במהלך הישיבה להיזהר מאוד מן האפשרות שהצהרה כזאת תטפח תקוות לא סבירות להישרדותם של אנשי הצוות.
יומיים לאחר מכן, מסר אלוף המשנה אברהם בוצר מחיל הים דיווח בפני ועדת החוץ והביטחון של הכנסת בעניין העלמות ה”דקר”. הוא מנה שלוש סיבות אפשריות לטביעתה וביניהן את האפשרות שבצוללת התבצעה חבלה מכוונת, אם כי הגדיר את האפשרות הזאת כמאוד בלתי סבירה. כאשר שאלו אותו חברי הועדה על השדרים שהתקבלו לאחר היעלמותה של הצוללת ושנקטעו באמצעם בפתאומיות, העלה בוצר אפשרויות שונות לפתרון התעלומה שמצמצמות את החשד לחבלה, כמו האפשרות שתחנה חובבת ענתה לקריאה או שהייתה זו
טעות של אלחוטאי (תעודה 12). באותה ישיבה לא חסכו ממנו חברי הוועדה שאלות קשות ביחס למצבה של הצוללת בעת רכישתה, היקף החיפושים, מועד תחילתם, נסיבות ההחלטה להביא את הצוללת לחופי הארץ בצלילה, בניגוד לצוללות האחרות שנרכשו באותה הזדמנות ושעשו את מסען לארץ על פני המים.
הרמטכ”ל כינס את בני משפחותיהם של אנשי הצוות של הצוללת ופירט בפניהם את האירועים עד לניתוק הקשר עם הצוללת, ואת היקף החיפושים שהיו לדבריו הגדולים שנערכו עד כה אחרי כלי שיט נעדר. הוא הודיע למשפחות על מיצוי כל האפשרויות לאיתור הצוללת. באותה פגישה אמר שר הביטחון שאין שמץ של ידיעה עובדתית על גורלה של הצוללת. אולם הרב הצבאי הראשי הורה לבני המשפחות לא לשבת שבעה לפי שעה. מספרם הרב של הנספים בצוללת, וסמיכות האסון לטיבוע המשחתת אילת כשלושה חודשים קודם לכן, הגבירו את תחושת הכאב בציבור עם פרסום הידיעה על הכרזתה של הצוללת “דקר” ואנשי צוותה כנעדרים.
בתיקי משרד ראש הממשלה נמצאים מכתבים רבים מאת מנהיגי מדינות ובהם השתתפות בצערו של עם ישראל וממשלת ישראל בעקבות ההודעה על הפסקת החיפושים. באחד התיקים מצוי לעומת זאת גם דוח של מחלקת החקר של משרד החוץ שמביא את דבריו של פרשן רדיו מוסקבה בשפה הערבית מ- 31 בינואר. הפרשן טוען שסיפור רכישת הצוללת וגם החיפושים הנרחבים מצידן של חברות ברית נאט”ו אחריה, מעידים על קיומו של סיוע צבאי הדוק מצידה של נאט”ו לישראל וזאת למרות שישראל אינה חברה בברית, עובדה שמחזקת את ההשערה שלברית נאט”ו בסיסים צבאיים בישראל. הפרשן הסובייטי מביע תמיהה מרומזת על שיתוף הפעולה של תורכיה ויוון עם ה”ברית התוקפנית” בחיפושים אחר הצוללת לאחר שגינו את התוקפנות הישראלית והכריזו על סולידריות עם הערבים (תעודה 13).