בפתח הדיון קרא שרון לדחיית ההמלצות האישיות נגד מפקדי צה"ל. הוא טען כי אין לפגוע במעמדם בעקבות שיקול דעת מוטעה בודד מתוך מסכת של החלטות שקיבלו במסגרת תפקידם. עוד הוסיף שרון כי הוועדה חרגה מסמכותה בהמלצות האישיות אלה. הרמטכ"ל איתן בתורו העתיר שבחים על אמ"ן בפיקוד האלוף שגיא ועל האוגדה שתת-אלוף ירון פיקד עליה. בגין הקריא מכתב מהשר יובל נאמן, שנעדר מהישיבה בגלל מחלת אשתו. נאמן הביע התנגדות להתפטרות שרון, אך אם יש בכך הכרח משפטי יעזוב שרון את משרד הביטחון – "ימשיך לכהן כשר בממשלה, ובמיוחד גם להשתתף בניהול המו"מ בלבנון". כמו כן הקריא בגין מכתב מסיעת אגודת ישראל, שהייתה חברה בקואליציה אך לא היה לה נציג בממשלה. אגודת ישראל הזכירה את התנגדותה המוקדמת להקמת ועדת החקירה ושללה את קבלת המלצותיה. היועץ המשפטי לממשלה יצחק זמיר ניתח את המלצות הוועדה. הוא הסביר שהוועדה לא דנה באחריות מיניסטריאלית – אחריותו של שר למעשה או למחדל של עובד הכפוף לו בלי שהוא (השר) יודע על כך. הוועדה דנה אך ורק באחריות אישית של שר למעשה או למחדל שלו עצמו. הוא הטעים שהוועדה מטילה את מלוא האחריות הישירה לטבח בביירות על הפלנגות, אולם היא חקרה אם מוטלת אחריות עקיפה על מדינת ישראל. ההמלצות האישיות שהמליצה הוועדה ביחס לאישים בישראל נבעו מאותה אחריות עקיפה. זמיר קבע בפני הממשלה: "מדובר בהמלצות ולא בפסק דין. לפיכך אין על הממשלה חובה מוחלטת לקבל את ההמלצות ולפעול על פיהן. עם זאת, אין ספק, שנודע להן משקל רב ולא רק בתחום הציבורי, או המוסרי. […] לא לכל ההמלצות נודע אותו משקל, אפילו מבחינה משפטית. יש המלצות, שמבחינה משפטית כמעט חובה לקיים אותן. הדבר תלוי בגורמים שונים ובין היתר, בתפקיד של הגוף המייעץ, בהרכבו ועוד. […] בוועדת חקירה שהוקמה כדי לחקור, בין היתר, את הממשלה עצמה, […] להמלצות מסוג זה נודע משקל מיוחד. […] אף שמבחינה משפטית אין חובה מוחלטת לאמץ את ההמלצות של ועדת כהן – קיימת חובה לשקול אותן במגמה לאמצן ובהכרה, שרק טעמים שיש להם חשיבות יוצאת מן הכלל, עשויים להצדיק סטייה מהן."
השר יצחק שמיר טען שאפשר לקבל חלק מהמלצות ועדת החקירה. הוא אף המליץ להקדים את הבחירות, "ואז הדו"ח לא מחייב אותנו" – המלצה שהשר אברהם שריר תמך בה ואילו השר חיים קורפו התנגד לה. הצעה נוספת של שמיר הייתה להקים ועדת בדיקה בראשות בגין שתבדוק את האפשרויות השונות, אך בגין דחה את ההצעה על הסף את ההצעה להקים ועדה "לבדיקת הממצאים של ועדת החקירה". השר זבולון המר הבהיר שהמפד"ל נאמנה לממשלה ולליכוד ואינה מאיימת להקים ממשלה עם המערך. בלי קשר לזה דרש לקבל את המלצות הוועדה, והשר מרדכי ציפורי הצטרף לדרישתו. שר הביטחון שרון נאלץ לצאת במהלך הישיבה כדי להיפגש עם אורחים מחו"ל, וחלק מהשרים נמנעו מלפרט את מלוא עמדתם או להכריע בעניין בהיעדרו. לכן, ובשל בקשות נוספות, החליט בגין לדחות את ההחלטה לישיבה שלישית במניין. ישיבה זו התקיימה למחרת (תעודה 5 ארכיון המדינה, א-4283/2).
