כשנה לאחר טביעתה של "דקר" התגלה אחד ממצופי החירום של הצוללת בחוף רצועת עזה. דובר צה"ל פרסם הודעה, שאושרה על ידי ועדת שרים לענייני ביטחון ב-21 באפריל 1969, לפיה מציאת המצוף מוכיחה מעל לכל ספק ש"דקר" טבעה במעמקי הים אולם לא ניתן לקבוע את סיבת טביעתה. בדיקת המצוף העלתה שהדקר סטתה ממסלולה באופן משמעותי וטבעה במרחק של 30 – 60 מייל מהחוף המצרי (תעודה 16). מסקנות אילו, שעמדו בסתירה למסקנות בדוח של אראל, התבררו מאוחר יותר כשגויות. ניתוח ממצאי המצוף ומקום הימצאו הובילו לחיפושים אחרי "דקר" בחופי מצרים ובים האגאי, אך אלה לא העלו דבר.
בגמר המלחמה הקרה העמידה ארצות הברית את יכולות החיפוש והאיתור במים עמוקים שפותחו על ידי צי ארצות הברית למאמצים למציאת הצוללת. החיפושים שבו והתמקדו בקטע הנתיב שבו אבד הקשר עמה. ב-28 במאי 1999, למעלה מ-31 שנים לאחר היעלמותה, נמצאו שרידיה של "דקר" על ידי מערך החיפוש במים עמוקים של חברת נאוטיקוס. השרידים נמצאו בקרקעית הים בעומק 3 ק"מ, על נתיב השיט המתוכנן לחיפה, במרחק של 485 ק"מ מיעדה. מציאתה במקום זה הוכיחה מעל לכל ספק שה"דקר" לא סטתה ממסלולה כפי שנטען ושלא היה מקום לטענות על אופן התנהלותם ושיקול דעתם של מפקד הצוות, יעקב רענן וקציני הצוללת שעתה התברר שלא חרגו מן הפקודות שקיבלו. תעלומת היעלמותה של הצוללת "דקר" הגיעה לסיומה 31 שנים לאחר טביעתה אבל השאלות לגבי סיבות טביעתה נותרו פתוחות עד היום.
בבית הקברות הצבאי בהר הרצל ניצבת אנדרטה לזכר ה"דקר". שישים ותשעה שמות אנשי צוותה חקוקים באבן באנדרטה דמויית הצוללת.
השלט "לא נשכחתם" שהוצב על חרטום הדקר במעמקי הים
